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concordance.index(survcomp)
concordance.index()所属R语言包：survcomp

                                        Function to compute the concordance index for survival or binary class prediction
                                         函数来计算的一致性指数为生存或二进制类预测

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Function to compute the concordance index for a risk prediction, i.e. the probability that, for a pair of randomly chosen comparable samples, the sample with the higher risk prediction will experience an event before the other sample or belongs to a higher binary class.
风险预测的一致性指数函数来计算，即，对随机选择的可比样本，样品具有较高的风险预测会遇到事件之前，其他样品或者属于向更高的二进制类的概率。


用法----------Usage----------


concordance.index(x, surv.time, surv.event, cl, weights, comppairs=10, strat,
  alpha = 0.05, outx = TRUE, method = c("conservative", "noether", "nam"),
  na.rm = FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：x
a vector of risk predictions.
风险预测的矢量。


参数：surv.time
a vector of event times.
事件时间的向量。


参数：surv.event
a vector of event occurence indicators.
一个事件的发生指标的向量。


参数：cl
a vector of binary class indicators.
一个二进制类指标的向量。


参数：weights
weight of each sample.
每个样品的重量。


参数：comppairs
threshold for compairable patients.
阈值为compairable患者。


参数：strat
stratification indicator.
分层的指标。


参数：alpha
apha level to compute confidence interval.
APHA水平计算置信区间。


参数：outx
set to TRUE to not count pairs of observations tied on x as a relevant pair. This results in a Goodman-Kruskal gamma type rank correlation.
设置TRUE到不算x有关对并列的意见的对。在古德曼的克鲁斯卡尔伽玛型秩相关的结果。


参数：method
can take the value conservative, noether or name (see paper Pencina et al. for details).
可以利用的价值conservative，noether或name（详见纸张Pencina等。）。


参数：na.rm
TRUE if missing values should be removed.
TRUE如果缺失值应该被删除。


值----------Value----------


参数：c.index
concordance index estimate.
一致指数的估计。


参数：se
standard error of the estimate.
估计标准误差。


参数：lower
lower bound for the confidence interval.
置信区间势必降低。


参数：upper
upper bound for the confidence interval.
置信区间的上限。


参数：p.value
p-value for the statistical test if the estimate if different from 0.5.
统计检验的p值估计，如果从0.5不同。


参数：n
number of samples used for the estimation.
用于估计的样本数。


参数：data
list of data used to compute the index (x, surv.time and surv.event, or cl).
用于计算指数（x，surv.time和surv.event或cl）的数据列表。


参数：comppairs
number of compairable pairs.
数量的compairable对。


注意----------Note----------

The "direction" of the concordance index (< 0.5 or > 0.5) is the opposite than the rcorr.cens function in the Hmisc package. So you can easily get the same results than rcorr.cens by  changing the sign of x.
“方向”的一致性指数（<0.5或> 0.5）是比Hmisc包rcorr.cens功能的对面。所以你可以很容易地得到相同的结果通过改变x的符号比rcorr.cens。


作者（S）----------Author(s)----------


Benjamin Haibe-Kains, Markus Schroeder



参考文献----------References----------


<h3>See Also</h3>

举例----------Examples----------


set.seed(12345)
age <- rnorm(100, 50, 10)
sex <- sample(0:1, 100, replace=TRUE)
stime <- rexp(100)
cens   <- runif(100,.5,2)
sevent  <- as.numeric(stime <= cens)
stime <- pmin(stime, cens)
strat <- sample(1:3, 100, replace=TRUE)
weight <- runif(100, min=0, max=1)
comppairs <- 10
cat("survival prediction:\n")
concordance.index(x=age, surv.time=stime, surv.event=sevent, strat=strat,
  weights=weight, method="noether", comppairs=comppairs)
cat("binary class prediction:\n")
## is age predictive of sex?[＃年龄是预测性的吗？]
concordance.index(x=age, cl=sex, strat=strat, method="noether")

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