breastCancerData(survcomp)
breastCancerData()所属R语言包：survcomp
Sample data containing six datasets for gene expression, annotations and clinical data.
含有6个基因的表达，注释和临床数据的数据集的样本数据。
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This dataset contains a subset of the gene expression, annotations and clinical data from 6 different datasets (see section details). The subsets contain the seven gene signature introduced by Desmedt et al. 2008.
该数据集包含的基因表达，注释，并从不同的数据集6（见部分详细介绍）的临床数据的一个子集。该子集包含的七个基因签名由Desmedt等介绍。 2008年。
用法----------Usage----------
data(breastCancerData)
格式----------Format----------
Six ExpressionSets. Example for 'mainz7g': eSet with 7 features and 200 samples, containing:
六ExpressionSets。例如mainz7g“：ESET 7功能和200个样本，其中包含：
exprs(mainz7g): Matrix containing gene expressions as measured by Affymetrix hgu133a technology (single-channel, oligonucleotides).
exprs(mainz7g)：矩阵包含由Affymetrix hgu133a技术（单声道，寡核苷酸）的基因表达。
fData(mainz7g): AnnotatedDataFrame containing annotations of Affy microarray platform hgu133a.
fData(mainz7g)：AnnotatedDataFrame的含有注解Affy芯片平台hgu133a。
pData(mainz7g): AnnotatedDataFrame containing Clinical information of the breast cancer patients whose tumors were hybridized.
pData(mainz7g)：AnnotatedDataFrame包含的杂交瘤，乳腺癌患者的临床资料。
experimentalData(mainz7g): MIAME object containing information about the dataset.
experimentalData(mainz7g)：，MIAME对象，其中包含有关数据集的信息。
annotation(mainz7g): Name of the affy chip.
annotation(mainz7g)：的affy芯片的名称。
Details
详情----------Details----------
This dataset represents subsets of the studies published by Schmidt et al. 2008 [mainz7g], Wang. et al. 2005 and Minn et al. 2007 [vdx7g], Miller et al. 2005 [upp7g], Sotiriou et al. 2006 [unt7g], Desmedt et al. 2007 and TRANSBIG [transbig7g], van't Veer et al. 2002 and van de Vijver et al. 2002 [nki7g]. Each subset contains the genes AURKA (also known as STK6, STK7, or STK15), PLAU (also known as uPA), STAT1, VEGF, CASP3, ESR1, and ERBB2, as introduced by Desmedt et al. 2008. The seven genes represent the proliferation, tumor invasion/metastasis, immune response, angiogenesis, apoptosis phenotypes, and the ER and HER2 signaling, respectively.
本集代表施密特等人发表的研究报告的子集。 2008 [mainz7g]，王。等。 2005年，明尼苏达州等。 2007 vdx7g]，米勒等。 2005年[upp7g]，Sotiriou。等。 2006年[unt7g]，Desmedt。等。 2007年和TRANSBIG [transbig7g]，范特韦埃尔等。 2002年和面包车•维杰威等人。 2002年[nki7g]。每个子集包含AURKA（又称STK6，STK7或STK15基因）的基因，普劳（也称为尿激酶），STAT1和血管内皮生长因子，CASP3，ESR1，和ErbB2，由Desmedt等介绍。 2008年。 7个基因的增殖，肿瘤浸润/转移，免疫反应，血管新生，单元凋亡的表型，ER和HER2发信号，分别。
源----------Source----------
mainz: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE11121
美因茨：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE11121
transbig: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE7390
transbig：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE7390
upp: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE3494
UPP：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE3494
unt: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE2990
UNT：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE2990
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE6532
vdx: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE2034
VDX：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE2034
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE5327
nki: http://www.rii.com/publications/2002/vantveer.html
NKI：http://www.rii.com/publications/2002/vantveer.html
参考文献----------References----------
举例----------Examples----------
## load Biobase package[＃加载BIOBASE包。]
library(Biobase)
## load the dataset[＃加载数据集]
data(breastCancerData)
########[＃＃＃＃＃＃＃]
## Example for the mainz7g dataset[＃为mainz7g集为例]
########[＃＃＃＃＃＃＃]
## show the first 5 columns of the expression data[＃显示表达数据的第5列]
exprs(mainz7g)[ ,1:5]
## show the first 6 rows of the phenotype data[＃显示的第6行的表型数据]
head(pData(mainz7g))
## show first 20 feature names[＃显示前20个功能名称]
featureNames(mainz7g)
## show the experiment data summary[＃显示的实验数据汇总]
experimentData(mainz7g)
## show the used platform[＃显示所使用的平台。]
annotation(mainz7g)
## show the abstract for this dataset[＃显示该数据集的抽象。]
abstract(mainz7g)
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发表于 2012-2-26 15:16:50
