withinNorm(stepNorm)
withinNorm()所属R语言包：stepNorm
Within-slide normalization function for cDNA spotted microarrays
幻灯片内的斑点基因芯片功能标准化
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function is a wrapper function around fitWtihin and fit2DWithin. It allows the user to choose from a set of thirteen basic location normalization procedures. The function operates on an object of class marrayRaw or marrayNorm and returns an object of class marrayNorm.
这个函数是一个包装函数左右fitWtihin和fit2DWithin。它允许用户选择一组13个基本位置标准化程序。类marrayRaw或marrayNorm对象的功能操作，并返回一个对象类marrayNorm。
用法----------Usage----------
withinNorm(marraySet, y = "maM", subset = TRUE, norm = c("none",
"median", "rlm", "loess", "medianPrintTip", "rlmPrintTip",
"loessPrintTip", "medianPlate", "rlmPlate", "loessPlate",
"aov2D", "rlm2D", "loess2D", "spatialMedian"), ...)
参数----------Arguments----------
参数：marraySet
Object of class marrayRaw or class marrayNorm, containing intensity data for the batch of arrays to be normalized.
类marrayRaw或类对象marrayNorm为一批阵列，包含强度数据进行标准化。
参数：y
Name of accessor method for spot statistics, usually the log-ratio maM.
现货统计的存取方法，通常数比maM的名称。
参数：subset
A "logical" or "numeric" vector indicating the subset of points used to compute the normalization values.
“逻辑”或“数字”向量表示用来计算标准化值点的子集。
参数：norm
A character string specifying the normalization procedures:
一个字符串，指定标准化程序：
none: no normalization
无：没有标准化
median: global median location normalization
中位数：全球中位数位置标准化
rlm: global intensity or A-dependent robust linear normalization using the rlm function
RLM：全球的强度或一个依赖鲁棒线性标准化，使用rlm函数
loess: global intensity or A-dependent robust nonlinear normalization using the loess function
黄土：全球强度使用或依赖一个强大的非线性标准化loess函数
medianPrintTip: within-print-tip-group median normalization
medianPrintTip：内打印头组的中位数标准化
rlmPrintTip: within-print-tip-group intensity or A-dependent robust linear normalization using the rlm function
rlmPrintTip：内打印头组的强度，或使用rlm功能一个依赖鲁棒线性标准化
loessPrintTip: within-print-tip-group intensity or A-dependent robust nonlinear normalization using the loess function
loessPrintTip：内打印头组的强度，或使用loess功能一个依赖鲁棒非线性标准化
medianPlate: within-well-plate-group median normalization
medianPlate：内盘组中位数标准化
rlmPlate: within-well-plate-group intensity or A-dependent robust linear normalization using the rlm function
rlmPlate：内板组的强度或依赖一个强大的线性标准化使用rlm函数
loessPlate: within-well-plate-group intensity or A-dependent robust nonlinear normalization using the loess function
loessPlate：内盘组强度或依赖一个强大的非线性标准化使用loess函数
aov2D: spatial bivariate location normalization using ANOVA
aov2D：二元空间位置标准化采用方差分析
rlm2D: spatial bivariate location normalization using the rlm function
二元rlm2D：空间位置使用rlm功能的标准化
loess2D: spatial bivariate location normalization using the loess function
二元loess2D：空间位置使用loess功能的标准化
spatialMedian: spatial location normalization using a spatial median approach (see Wilson et al. (2003) in reference)
spatialMedian：空间位置标准化的使用空间中位数的方法（见参考威尔逊等人（2003）。）
参数：...
Misc arguments for the specified norm function
其他参数为指定norm功能
Details
详情----------Details----------
The function withinNorm dispatches to the function fitWithin or fit2DWithin with specified arguments according to the choice of norm. For instance, when norm="loess" for global intensity dependent robust nonlinear normalization, withinNorm calls fitWithin(fun="loess") with the default span parameter set at 0.4. If a different span is preferred, it should be input by span=0.2 through the argument ... in the withinNorm function (see example below). For more details see fitWithin, fit2DWithin and individual fitting functions such as loessfit.
函数withinNorm调度的功能fitWithin或fit2DWithin指定的参数，根据norm的选择。例如，当norm="loess"全球的强度依赖于强大的非线性标准化，withinNorm要求fitWithin(fun="loess")默认跨度参数设置为0.4。如果一个不同的跨度是首选，它应该是输入由span=0.2通过参数...withinNorm函数（见下面的例子）。详细内容见fitWithin，fit2DWithin如loessfit和个人拟合函数。
值----------Value----------
An object of class marrayNorm, containing the normalized intensity data.
一个对象的类marrayNorm，含有规范化的强度数据。
作者（S）----------Author(s)----------
Yuanyuan Xiao, <a href="mailto:yxiao@itsa.ucsf.edu">yxiao@itsa.ucsf.edu</a>, <br>
Jean Yee Hwa Yang, <a href="mailto:jean@biostat.ucsf.edu">jean@biostat.ucsf.edu</a>
参考文献----------References----------
for cDNA microarray data. In M. L. Bittner, Y. Chen, A. N. Dorsel, and E. R. Dougherty (eds), Microarrays: Optical Technologies and Informatics, Vol. 4266 of Proceedings of SPIE.
(2003). New normalization methods for cDNA microarray data. Bioinformatics, Vol. 19, pp. 1325-1332.
参见----------See Also----------
seqWithinNorm, stepWithinNorm, fitWithin, fit2DWithin,
seqWithinNorm，stepWithinNorm，fitWithin，fit2DWithin
举例----------Examples----------
# Examples use swirl dataset, for description type ? swirl[例子使用漩涡集，描述的类型？漩涡]
data(swirl)
# Apply loess normalization for the first slide, span=0.4[申请第一张幻灯片黄土标准化，跨度= 0.4]
## Not run: [＃无法运行：]
res.swirl1 <- withinNorm(swirl[,1], norm="loess")
## End(Not run)[＃结束（不运行）]
# Apply loess normalization for the first slide, span=0.2[申请第一张幻灯片黄土标准化，跨度= 0.2]
## Not run: [＃无法运行：]
res.swirl1 <- withinNorm(swirl[,1], norm="loess", span=0.2)
## End(Not run)[＃结束（不运行）]
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-26 15:12:36
