R语言 stepNorm包 fitWithin()函数中文帮助文档(中英文对照)

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fitWithin(stepNorm)
fitWithin()所属R语言包：stepNorm

                                        Simple location normalization function for cDNA microarray data
                                         cDNA微阵列数据的标准化功能简单的位置

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function performs location normalization on cDNA micoroarray. It operates on class marrayRaw or class marrayNorm. It allows the user to choose from a set of three basic normalization procedures.
本功能对基因micoroarray执行位置标准化。它的运作类marrayRaw类marrayNorm。它允许用户从一组三个基本标准化程序选择。


用法----------Usage----------


fitWithin(x.fun = "maA", y.fun = "maM", z.fun = TRUE, subset=TRUE, fun = "medfit", ...)



参数----------Arguments----------

参数：x.fun
Name of accessor method for spot intensity, usually maA.
点的强度，通常maA存取方法的名称。


参数：y.fun
Name of accessor method for spot statistics, usually the log-ratio maM.
现货统计的存取方法，通常数比maM的名称。


参数：z.fun
Name of accessor method for spot statistic used to stratify the data, usually a layout parameter, e.g. maPrintTip or maCompPlate. If z is not a character, e.g. NULL,  the data are not stratified.
存取点统计方法采用分层的数据，通常是一个布局参数的名称，如maPrintTip或maCompPlate。 z如果是不是一个字符，例如NULL，该数据是不分层。


参数：subset
A "logical" or "numeric" vector indicating the subset of points used to compute the  normalization values.
“逻辑”或“数字”向量表示用来计算标准化值点的子集。


参数：fun
Character string specifying the normalization procedure:     
字符串指定标准化过程：

medfitfor global median location normalization  
medfitfor全球中位数位置标准化

rlmfitfor global intensity or A-dependent location normalization using  the rlm function  
全球rlmfitfor强度或依赖一个位置标准化使用rlm函数

loessfitfor global intensity or A-dependent location normalization using  the loess function   
全球loessfitfor强度或依赖一个位置标准化使用loess函数


参数：...
Miscs arguments to be passed in fun
miscsfun要传递的参数


Details

详情----------Details----------

Normalization is typically performed on the expression ratios of cDNA microarray data, using the function specified by argument fun. Currently, this function is to be chosen from: medfit (median), rlmfit (rlm) and loessfit(loess). When z.fun is provided as a character string, for example, maPrintTip, the normalization procedure is operated within each print-tip of the slide.
标准化通常进行cDNA微阵列数据的表达率，使用参数fun指定的函数。目前，这个功能是选择：medfit（中位数），rlmfit（RLM）和loessfit（黄土）。当z.fun作为字符串，例如，maPrintTip，规范化的程序运行在每个幻灯片的打印头。


值----------Value----------

The function fitWithin returns a function(F) with bindings for x.fun, y.fun, z.fun, subset and fun. When the function F is evaluated with an object of class marrayNorm or marrayRaw, it carries out normalization and returns an object of class marrayFit that contains the normalization information as a list with the following  list components:
功能fitWithin返回F，x.fun，y.fun，z.fun和subset绑定函数（fun）。当函数F类对象被评为marrayNorm或marrayRaw，开展标准化，并返回一个类的对象marrayFit包含列表标准化，信息下面的列表组件：


参数：varfun
: A character vector of names of predictor variables.
：特征向量的预测变量的名称。


参数：x
: A numeric matrix of predictor variables.
：预测变量的数字矩阵。


参数：y
: A numeric matrix of repsonses.
：repsonses数字矩阵。


参数：residuals
: A numeric matrix of normalized values (typically log ratios (M)).
数字矩阵的标准化值（通常log比率（M））。


参数：fitted
: A numeric matrix of the fitted values.
：拟合值的数字矩阵。


参数：enp
: The equivalent number of parameters; see loess.
：等效参数的数目;看到loess


参数：df.residual
: The residual degrees of freedom.
：自由的残留度。


参数：fun
: A character string indicating the name of the function used for normalization.
：一个字符串，指示标准化的函数的名称。

Note that the residuals component stores the normalized ratios.
注意residuals组件存储归一的比率。


作者（S）----------Author(s)----------



Yuanyuan Xiao, <a href="mailto:yxiao@itsa.ucsf.edu">yxiao@itsa.ucsf.edu</a>, <br>
Jean Yee Hwa Yang, <a href="mailto:jean@biostat.ucsf.edu">jean@biostat.ucsf.edu</a>




参考文献----------References----------

for cDNA microarray data. In M. L. Bittner, Y. Chen, A. N. Dorsel, and E. R. Dougherty (eds), Microarrays: Optical Technologies and Informatics, Vol. 4266 of Proceedings of SPIE.

参见----------See Also----------

fit2DWithin
fit2DWithin


举例----------Examples----------


## using the swirl data as example[＃使用为例漩涡数据]
data(swirl)

## median normalization[＃中位数标准化]
med <- fitWithin(fun="medfit")
swirl1.med <- med(swirl[,1])
norm.M &lt;- swirl1.med$residuals ## matrix of normalized ratios[＃标准化比率的矩阵]

## rlm normalization[＃RLM标准化]
rlmF <- fitWithin(fun="rlmfit")
swirl1.rlm <- rlmF(swirl[,1])

## loess normalization, default span=0.4[＃黄土标准化，默认跨度= 0.4]
loessF <- fitWithin(fun="loessfit")
swirl1.loess <- loessF(swirl[,1])
## loess normalization, span=0.2[＃黄土标准化，跨度= 0.2]
loessF.1 <- fitWithin(fun="loessfit", span=0.2)
swirl1.loess.1 <- loessF.1(swirl[,1])


## within-printtip loess normalization[＃内printtip黄土标准化]
loessP <- fitWithin(z.fun="maPrintTip", fun="loessfit")
swirl1.loessP <- loessP(swirl[,1])

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