R语言 Starr包 remap()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

remap(Starr)
remap()所属R语言包：Starr

                                        Remap reporter sequences to the genome and create a new bpmap file
                                         重映射记者的基因组序列，并创建一个新bpmap文件

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function remaps the reporter sequences on the chip on the genome and outputs a new bpmap annotation, containing only unique matches to the genome. A remapping is recommended if the bpmap file was built on an outdated genome, or if sequences, that match the genome more than once should be excluded.
此功能重新映射记者在芯片上的基因组的序列和输出一个新bpmap注解，只含有独特的基因组的比赛。建议，如果bpmap文件是一个过时的基因组上建一个重映，或者如果序列，相匹配的基因组不止一次应排除在外。


用法----------Usage----------


remap(bpmap=NULL, seqs=NULL, nseq=NULL, path="", complementary=FALSE, reverse=FALSE, reverse_complementary=FALSE, return_bpmap=FALSE)



参数----------Arguments----------

参数： bpmap
A list, created by the function readBpmap() from the affy package.
列表，创建功能readBpmap（从affy包）。


参数：nseq
Number of sequences, that are searched in one iteration.
序列号，在一个迭代搜索。


参数：seqs
Sequences to search as a character vector
作为一个特征向量序列搜寻


参数：path
path to genomic fasta files
路径基因FASTA文件


参数：complementary
If TRUE, the sequences are searched in the complementary strand of the text
如果是TRUE，在文本的互补链序列搜索


参数：reverse
If TRUE, the sequences are searched in the reverse strand of the text
如果是TRUE，在文本的反向链序列搜索


参数：reverse_complementary
If TRUE, the sequences are searched in the reverse complementary strand of the text
如果是TRUE，序列搜索的文本在反向互补链


参数：return_bpmap
If TRUE, the output is a list in bpmap format
如果是TRUE，输出的是一个bpmap格式列表


作者（S）----------Author(s)----------


Benedikt Zacher <a href="mailto:zacher@lmb.uni-muenchen.de">zacher@lmb.uni-muenchen.de</a>



举例----------Examples----------


# dataPath &lt;- system.file("extdata", package="Starr")[< - 。系统数据通路（的“extdata”，包=“斯塔尔”）]

# bpmapChr1 &lt;- readBpmap(file.path(dataPath, "Scerevisiae_tlg_chr1.bpmap"))[bpmapChr1 < -  readBpmap（file.path（数据通路，“Scerevisiae_tlg_chr1.bpmap”））]
# newbpmap &lt;- remap(bpmapChr1, nseq=5000000, path=dataPath, reverse_complementary=TRUE, return_bpmap=TRUE)[newbpmap < - 重映射（bpmapChr1，nseq = 5000000，路径=数据通路，reverse_complementary = TRUE时，return_bpmap = TRUE时）]

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