R语言 Starr包 readCelFile()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

readCelFile(Starr)
readCelFile()所属R语言包：Starr

                                         Read raw intensities from CEL files
                                         读取CEL文件的原始强度

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Function to read the raw intensities of the perfect match probes (PM) of Affymetrix CEL files into an ExpressionSet. This function is used to read one-color data. For two-color data use the functions from the Ringo package.
函数读取的完美匹配探针的Affymetrix公司CEL文件（下午）到ExpressionSet的的原始强度。这个函数是用来读取一个颜色数据。两色的数据从林檎包使用的功能。


用法----------Usage----------


readCelFile(bpmap, cel_files, names, type, experimentData=NULL, featureData=T, log.it=T, phenodata=NULL)



参数----------Arguments----------

参数： bpmap
        Either a list, created by the function readBpmap() from the affy package, or the path to the bpmap file.  
无论是列表，由的功能readBpmap（从affy包，或到的bpmap文件的路径）创建。


参数： cel_files
        a character vector, specifying the path to the CEL files  
一个字符向量，CEL文件指定的路径


参数： names
        a character vector, containing the names of the experiments  
一个字符向量，包含实验的名称


参数： type
        a character vector, containing the type of experiment, e.g. "IP" for an Immunoprecipitation, or "CONTROL" for a control or reference experiment was done
一个字符向量，包含类型的实验，例如进行免疫沉淀，“知识产权”或“控制”为控制或参考实验


参数： experimentData
        This must be an object of type MIAME, which details information about e.g., the investigator or lab where the experiment was done, an overall title, and other notes  
这必须是一个对象类型的MIAME，例如，研究者或实验室做实验，一个总冠军，和其他票据的详细信息


参数： featureData
        If TRUE, a featureData object is added to the ExpressionSet, containing information about the chromosome, position in the genome and sequence of the features  
如果是TRUE中，featureData对象添加的ExpressionSet，含有染色体，位置信息和功能基因组序列


参数： log.it
        If TRUE, logged intesities are read
如果是TRUE，记录intesities读取


参数：phenodata
data.frame, containing columns name, type, CEL.
数据框，包含列名，类型，CEL。


值----------Value----------

Returns raw intensity values in form of an ExpressionSet with additional information:
返回形式更多信息ExpressionSet的原始强度值：


参数：assayData
This object contains the measured probe intensities.
这个对象包含了测量探针强度。


参数：phenoData
contains further description of the experiments, such as names or type
包含实验进一步说明，如名称或类型，


参数：featureData
containing information about the chromosome, position in the genome and sequence of the features
含有染色体，位置信息和功能基因组序列


参数：experimentData
details information about e.g., the investigator or lab where the experiment was done
例如，研究者或实验室做实验的细节信息


作者（S）----------Author(s)----------


Benedikt Zacher <a href="mailto:zacher@lmb.uni-muenchen.de">zacher@lmb.uni-muenchen.de</a>



参见----------See Also----------

readCelIntensities, xy2indices
readCelIntensities，xy2indices


举例----------Examples----------


##[＃]
# dataPath &lt;- system.file("extdata", package="Starr")[< - 。系统数据通路（的“extdata”，包=“斯塔尔”）]
# bpmapChr1 &lt;- readBpmap(file.path(dataPath, "Scerevisiae_tlg_chr1.bpmap"))[bpmapChr1 < -  readBpmap（file.path（数据通路，“Scerevisiae_tlg_chr1.bpmap”））]

# cels &lt;- c(file.path(dataPath,"Rpb3_IP_chr1.cel"), file.path(dataPath,"wt_IP_chr1.cel"), [CELS < -  C（file.path（数据通路，“Rpb3_IP_chr1.cel”），file.path（数据通路，“wt_IP_chr1.cel”），]
#         file.path(dataPath,"Rpb3_IP2_chr1.cel"))[file.path（数据通路，“Rpb3_IP2_chr1.cel”））]
# names &lt;- c("rpb3_1", "wt_1","rpb3_2")[名< - （“rpb3_1”，“wt_1”，“rpb3_2”）]
# type &lt;- c("IP", "CONTROL", "IP")[类型< -  C（“知识产权”，“控制”，“知识产权”）]
# rpb3Chr1 &lt;- readCelFile(bpmapChr1, cels, names, type, featureData=TRUE, log.it=TRUE)[rpb3Chr1 < -  readCelFile（bpmapChr1，CELS，名称，类型，featureData = TRUE，log.it = TRUE）]

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