SScoreBatch (sscore)
SScoreBatch ()所属R语言包：sscore
Compute S-Score values
计算的S-分数值
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Computes the S-Score values for multiple pairs of Affymetrix GeneChips
计算多对Affymetrix的基因芯片的S-分数值
用法----------Usage----------
SScoreBatch(afbatch = stop("No CEL files specified"), compare = stop("No list of comparisons given"),
SF = NULL, SDT = NULL, rm.outliers = TRUE, rm.mask = TRUE, rm.extra = NULL,
digits = NULL, verbose = FALSE, celfile.path = NULL, celfile.names = NULL)
参数----------Arguments----------
参数：afbatch
An AffyBatch object
AffyBatch对象
参数：compare
A matrix describing which chips to compare
矩阵描述比较的芯片
参数：SF
a list of Scale Factor (SF) values for each GeneChip
为每个基因芯片规模系数（SF）值列表
参数：SDT
a list of Standard Difference Threshold (SDT) values for each GeneChip
每一个基因芯片标准差阈值的列表（SDT）值
参数：rm.outliers
should the spots marked as 'OUTLIERS' be excluded from S-Score calculation?
应该标记为“离群”的景点，被排除的S-分数计算？
参数：rm.mask
should the spots marked as 'MASKS' be excluded from S-Score calculation?
标记为面具点应被排除在外的S-分数计算？
参数：rm.extra
if TRUE, overrides what is in rm.mask and rm.outliers
如果TRUE，覆盖什么是rm.mask和rm.outliers
参数：digits
number of significant digits for S-Score values
数的S-分数值的有效位数
参数：verbose
logical value. If TRUE it provides more detail of the S-Score calculations.
逻辑值。如果TRUE它的S-分数计算提供了更多的细节。
参数：celfile.path
character denoting the path for the *.CEL files corresponding to afbatch
字符表示的路径为*。CEL文件相应的afbatch
参数：celfile.names
optional character vector containing the names of the *.CEL files
可选字符向量* CEL文件的名称。
Details
详情----------Details----------
Computes S-Score values as described by Zhang et al. (2002). SScoreBatch allows comparison of multiple pairs of chips, while SScore provides a simpler interface when comparing only two GeneChips.
张某等人计算的S-分数值。 （2002年）。 SScoreBatch允许多对芯片进行比较，而SScore比较只有2基因芯片提供了一个简单的接口。
compare specifies how the pairwise comparisons are performed. It is an N x 2 matrix, where N is the number of pairwise comparisons; each row of the matrix contains index in the AffyBatch object for the chips to be compared. For example,
compare指定如何进行成对比较。这是一个N×2矩阵，其中N是成对比较矩阵的每一行包含在AffyBatch芯片相比的对象的索引。例如，
值----------Value----------
An ExpressionSet with S-Score values in the exprs slot.
一个ExpressionSetexprs插槽的S-分数值。
注意----------Note----------
Based on C++ code by Li Zhang and Delphi code by Robnet Kerns
基于张黎和Delphi代码的C + +代码Robnet科恩斯
作者（S）----------Author(s)----------
Richard Kennedy <a href="mailto:rkennedy@vcu.edu">rkennedy@vcu.edu</a>
参考文献----------References----------
analysis of oligonucleotide arrays: application to expression profiling in mouse brain regions. Journal of Molecular Biology, 317(2), pp. 225–35
analysis of oligonucleotide microarrays. Methods, 31(4), pp. 274–81
参见----------See Also----------
SScore,computeSFandSDT,computeOutlier
SScore，computeSFandSDT，computeOutlier
举例----------Examples----------
if (length(dir(pattern=".cel$")) != 0) {
## Read in the *.CEL files[＃读取CEL文件*。]
abatch <- ReadAffy()
## default calling method[＃默认的调用方法]
SScores <- SScoreBatch(abatch)
## specifying SF and SDT (gives same results as above)[＃指定SF和SDT（给出了相同的结果如上）]
SfSdt <- computeSFandSDT(abatch)
## specifying outlier and masked values should be included in calculations[＃指定离群蒙面值应包括在计算]
SScores <- SScoreBatch(abatch,SF=SfSdt$SF,SDT=SfSdt$SDT)
SScores <- SScoreBatch(abatch,rm.outliers=FALSE,rm.mask=FALSE)
## round results to 3 significant digits[3位有效数字＃轮投票结果]
SScores <- SScoreBatch(abatch,digits=3)
## show verbose output[＃显示详细的输出。]
SScores <- SScoreBatch(abatch,verbose=TRUE)
}
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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-26 15:05:55
