R语言 sscore包 SScore ()函数中文帮助文档(中英文对照)

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SScore (sscore)
SScore ()所属R语言包：sscore

                                         Compute S-Score values
                                         计算的S-分数值

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Computes the S-Score values for a pair of Affymetrix GeneChips
Affymetrix的基因芯片对计算的S-分数值


用法----------Usage----------


SScore(afbatch = stop("No CEL files specified"), classlabel = c(0,1), SF = NULL,
       SDT = NULL, rm.outliers = TRUE, rm.mask = TRUE, rm.extra = NULL,
       digits = NULL, verbose = FALSE, celfile.path = NULL, celfile.names = NULL)



参数----------Arguments----------

参数：afbatch
An AffyBatch object  
AffyBatch对象


参数：classlabel
A vector identifying the class for each column of the AffyBatch object  
确定每个AffyBatch对象的列类的一个向量


参数：SF
a list of Scale Factor (SF) values for each GeneChip  
为每个基因芯片规模系数（SF）值列表


参数：SDT
a list of Standard Difference Threshold (SDT) values for each GeneChip  
每一个基因芯片标准差阈值的列表（SDT）值


参数：rm.outliers
should the spots marked as 'OUTLIERS' be excluded from S-Score calculation?  
应该标记为“离群”的景点，被排除的S-分数计算？


参数：rm.mask
should the spots marked as 'MASKS' be excluded from S-Score calculation?  
标记为面具点应被排除在外的S-分数计算？


参数：rm.extra
if TRUE, overrides what is in rm.mask and rm.outliers  
如果TRUE，覆盖什么是rm.mask和rm.outliers


参数：digits
number of significant digits for S-Score values  
数的S-分数值的有效位数


参数：verbose
logical value. If TRUE it provides more detail of the S-Score calculations.  
逻辑值。如果TRUE它的S-分数计算提供了更多的细节。


参数：celfile.path
character denoting the path for the *.CEL files corresponding to afbatch  
字符表示的路径为*。CEL文件相应的afbatch


参数：celfile.names
optional character vector containing the names of the *.CEL files  
可选字符向量* CEL文件的名称。


Details

详情----------Details----------

Computes S-Score values as described by Zhang et al. (2002).  SScore provides a simpler interface for comparing only two classes of GeneChips, while SScoreBatch compares  multiple pairs of chips.
张某等人计算的S-分数值。 （2002年）。 SScore比较基因芯片只有两个类提供了一个简单的接口，而SScoreBatch比较多对芯片。

The classlabel consists of a vector with one entry for each column of the AffyBatch object. Each entry consists of a 0 or a 1 to identify the class to which the chip for the corresponding column belongs.  SScore will conduct a two-class test comparing all chips labeled 0 to all chips labeled 1.  If classlabel is not specified, it defaults to a two-chip comparison, compatible with previous versions of SScore.
每个AffyBatch对象列的一个条目classlabel由一个向量。每个条目由一个0或1，确定相应列的芯片属于类。 SScore将进行两个阶级的测试，比较所有的芯片标记为0标记为1的所有芯片。如果classlabel未指定，默认为双芯片比较，与以前版本的SScore兼容。

The SF and SDT factors are required for all calculations.  If NULL, these values will be calculated according to the Affymetrix Statistical Algorithms Description Document.  digits allows the specification of the number of significant digits for the S-Score values; if NULL, the maximum number of significant digits are retained.
SF和特殊和差别待遇的因素，需要为所有的计算。如果NULL，这些值将根据Affymetrix公司的统计算法描述文件。 digits允许的S-分数值的有效位数规范; NULL如果，最大数量的有效位数保留。


值----------Value----------

An ExpressionSet with S-Score values in the exprs slot.
一个ExpressionSetexprs插槽的S-分数值。


注意----------Note----------

Based on C++ code by Li Zhang and Delphi code by Robnet Kerns
基于张黎和Delphi代码的C + +代码Robnet科恩斯


作者（S）----------Author(s)----------


Richard Kennedy <a href="mailto:rkennedy@vcu.edu">rkennedy@vcu.edu</a>



参考文献----------References----------

analysis of oligonucleotide arrays: application to expression profiling in mouse brain regions.  Journal of Molecular Biology, 317(2), pp. 225&ndash;35
analysis of oligonucleotide microarrays.  Methods, 31(4), pp. 274&ndash;81

参见----------See Also----------

SScoreBatch,computeSFandSDT,computeOutlier
SScoreBatch，computeSFandSDT，computeOutlier


举例----------Examples----------


  if (length(dir(pattern=".cel$")) != 0) {

  ## Read in the *.CEL files[＃读取CEL文件*。]
  abatch <- ReadAffy()

  ## default calling method[＃默认的调用方法]
  SScores <- SScore(abatch)

  ## specifying SF and SDT (gives same results as above)[＃指定SF和SDT（给出了相同的结果如上）]
  SfSdt <- computeSFandSDT(abatch)
  SScores <- SScore(abatch,SF=SfSdt$SF,SDT=SfSdt$SDT)

  ## specifying outlier and masked values should be included in calculations[＃指定离群蒙面值应包括在计算]
  SScores <- SScore(abatch,rm.outliers=FALSE,rm.mask=FALSE)

  ## round results to 3 significant digits[3位有效数字＃轮投票结果]
  SScores <- SScore(abatch,digits=3)

  ## show verbose output[＃显示详细的输出。]
  SScores <- SScore(abatch,verbose=TRUE)

}


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