startIGV(SRAdb)
startIGV()所属R语言包：SRAdb
Start IGV from R with different amount maximum memory support
开始IGV的不同数额最大内存支持从R
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function is to start the Integrative Genomics Viewer (IGV) within R, which is a high-performance visualization tool for interactive exploration of large, integrated datasets. It supports a wide variety of data types including sequence alignments, microarrays, and genomic annotations. In the SRAdb, functions of load2IGV and load2newIGV can be used to load BAM format of sequencing data into IGV conveniently.
此功能是开始在R结合基因组浏览器（IGV的），这是一个大型，综合性的集互动勘探的高性能可视化工具。它支持多种数据类型，包括序列，基因芯片和基因组注释。的SRAdb，load2IGV和load2newIGV功能可用于加载BAM方便到IGV的测序数据格式。
用法----------Usage----------
startIGV(memory = "mm", devel=FALSE)
参数----------Arguments----------
参数：memory
Maximum usable memory support for the IGV to be launched, which is defined as the following: 'mm' - 1.2 GB , 'lm' - 2 GB, 'hm' - 10 GB, ” - 750 MB
可用的最大内存支持将推出IGV的，这是定义如下：MM - 1.2 GB的，LM - 2 GB，HM - 10 GB“ - 750 MB
参数：devel
Start development version of IGV.
开始发展IGV的版本。
Details
详情----------Details----------
IGV with 1.2 GB maximum usable memory ('mm') is usually for 32-bit Windows; IGV with 2 GB maximum usable memory ('lm') is usually for 32-bit MacOS; IGV with 10 GB maximum usable memory is for large memory 64-bit java machines; IGV with 750 MB (”) is sufficient for most applications. The IGV will be launched through Java Web Start. For details about how IGV is launched or have problems to launch it, please refer to this site: http://www.broadinstitute.org/igv/StartIGV . Note: if IGVload will be used to load BAM files to the new launched IGV, a connection port needs to be enabled in the IGV. This is how to enable connection port in the IGV: in IGV, go View->Preferences->Advanced->Enable port and check the checkbox.
IGV的1.2 GB的最大可用内存（MM）通常是32位Windows最大2 GB的可用内存（LM）IGV的通常是32位的MacOS; IGV的是大的，最大10 GB的可用内存内存64位的Java机; 750 MB（“）IGV的大多数应用是足够的。将通过Java Web Start启动的IGV的。 IGV的是如何启动或有问题，启动它的详细信息，请参考这个网站：http://www.broadinstitute.org/igv/StartIGV。注：如果IGVload将用于新推出的IGV的加载的BAM文件，连接端口需要在IGV的启用。这是如何使IGV的连接端口：IGV的，去查看 - >首选项 - >高级 - >启用端口，并检查“复选框。
作者（S）----------Author(s)----------
Jack Zhu
参考文献----------References----------
参见----------See Also----------
IGVload, IGVgoto, IGVgenome
IGVload，IGVgoto，IGVgenome
举例----------Examples----------
## launch IGV with 1.2 GB maximum usable memory support[＃推出IGV的最大1.2 GB的可用内存支持]
## Not run: startIGV("lm"))[＃无法运行：startIGV（“LM”））]
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-26 15:04:41
