R语言 SRAdb包 sraGraph()函数中文帮助文档(中英文对照)

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sraGraph(SRAdb)
sraGraph()所属R语言包：SRAdb

                                         Create a new graphNEL object of SRA accessios from SRA full text search
                                         创建新graphNEL对象从特别储备金帐户的全文检索的储备金帐户accessios

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function will create a new graphNEL object from SRA accessions using function of entityGraph and SRA accessions are  returned from SRA full text search using function of getSRA
此功能将创建使用功能entityGraph和SRA加入从特别储备金帐户的完整文本使用搜索getSRA的功能返回的对象从储备金帐户加入新graphNEL


用法----------Usage----------


sraGraph(search_terms, sra_con)



参数----------Arguments----------

参数：search_terms
Free text search terms constructed according to SQLite query syntax defined here: http://www.sqlite.org/fts3.html#section_1_3  
自由文本搜索字词按这里定义SQLite的查询语法来构建：http://www.sqlite.org/fts3.html＃section_1_3


参数：sra_con
Connection to the SRAmetadb SQLite database  
连接的SRAmetadb SQLite数据库


Details

详情----------Details----------

This function is a wrapper of two functions: acc <- getSRA(search_terms, out_types='sra', sra_con, acc_only=TRUE) and g <- entityGraph(acc). A graphNEL object with edgemode='directed' is created from input data.frame of SRA accessions and the plot function will draw a graph
这个函数是一个包装两个功能：ACC < -  getSRA（SEARCH_TERMS，out_types = SRA，sra_con，acc_only = TRUE）和g < -  entityGraph（ACC）。与edgemode =导向graphNEL对象创建输入数据框SRA各加入plot函数绘制图形


值----------Value----------

A graphNEL object with edgemode='directed'
一个与edgemode graphNEL对象=“定向”


作者（S）----------Author(s)----------



Jack Zhu &lt;zhujack@mail.nih.gov&gt; and Sean Davis &lt;sdavis2@mail.nih.gov&gt;




参见----------See Also----------

getSRA, sraConvert, entityGraph
getSRA，sraConvert，entityGraph


举例----------Examples----------


if(file.exists('SRAmetadb.sqlite')) {

        library(SRAdb)
        sra_dbname <- 'SRAmetadb.sqlite'       
        sra_con <- dbConnect(dbDriver("SQLite"), sra_dbname)



        ## create a graphNEL object from SRA accessions, which are full text search results of terms 'colon cancer'[＃创建一个“搜索结果graphNEL的对象从特别储备金帐户的加入，这是完整的文字条款结肠癌]
        g <- sraGraph('colon cancer', sra_con)
        attrs <- getDefaultAttrs(list(node=list(fillcolor='lightblue', shape='ellipse')))
        plot(g, attrs=attrs)

        ## similiar search as the above, returned much larger data.frame and graph is too clouded[＃同级上面的搜索，返回更大的数据框和图是太蒙上阴影]
        g <- sraGraph('Ewing Sarcoma', sra_con)
        ## Not run: [＃无法运行：]
          library(Rgraphviz)
        plot(g)       
       
## End(Not run)[＃结束（不运行）]
} else {
        print("use getSRAdbFile() to get a copy of the SRAmetadb.sqlite file
        and then rerun the example")
}

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