R语言 splicegear包 plot.SpliceSitesGenomic()函数中文帮助文档(中英文对照)

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plot.SpliceSitesGenomic(splicegear)
plot.SpliceSitesGenomic()所属R语言包：splicegear

                                         Function to plot SpliceSitesGenomic objects
                                         函数绘制SpliceSitesGenomic对象

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Function to plot SpliceSitesGenomic objects.
功能来绘制SpliceSitesGenomic对象。


用法----------Usage----------


## S3 method for class 'SpliceSitesGenomic'
plot(x, col.variant = par("col"), col.exon = "white",
                        split = FALSE, main = names(x@variants), ...)



参数----------Arguments----------

参数：x
SpliceSitesGenomic-class  
SpliceSitesGenomic-class


参数：col.variant
a vector of colors for the different variants. The colors are recycled as necessary.
一个变种的不同颜色的向量。颜色是必要的回收。


参数：col.exon
a vector of colors for the exons. The colors are recycled as necessary.
外显子的颜色向量。颜色是必要的回收。


参数：split
split the plot of the variants in individual plots
在个别图的图分裂的变种


参数：main
character to use as a title. Recycled as necessary.
character作为标题使用。回收作为必要。


参数：...
optional graphical parameters  
可选的图形参数


值----------Value----------

This function is used for its side-effect.
此功能用于其副作用。


作者（S）----------Author(s)----------


Laurent



参见----------See Also----------

SpliceSitesGenomic-class
SpliceSitesGenomic-class


举例----------Examples----------


## a 10 bp window[＃10 bp的窗口]
seq.length <- as.integer(10)
## positions of the exons[＃的外显子的位置]
spsiteIpos <- matrix(c(1, 3.5, 5, 9, 3, 4, 8, 10), nc=2)
## known variants[＃已知变种]
variants <- list(a=c(1,2,3,4), b=c(1,2,3), c=c(1,3,4))
##[＃]
n.exons <- nrow(spsiteIpos)

spvar <- new("SpliceSitesGenomic", spsiteIpos=spsiteIpos,
         variants=variants, seq.length=seq.length)

par(mfrow = c(3,1), mar = c(3.1, 2.1, 2.1, 1.1))

plot(spvar, split=TRUE, col.exon=rainbow(n.exons))


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