R语言 splicegear包 plot.SpliceExprSet()函数中文帮助文档(中英文对照)

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plot.SpliceExprSet(splicegear)
plot.SpliceExprSet()所属R语言包：splicegear

                                         plot a SpliceExprSet
                                         绘制1 SpliceExprSet

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Plot a object of class SpliceExprSet
绘制类SpliceExprSet的对象


用法----------Usage----------


## S3 method for class 'SpliceExprSet'
plot(x,
                   probes.opt = list(), expr.opt = list(col = NA, lty = 1:6),
                   fig.xratio = c(2, 1), fig.yratio = c(2, 1),
                   probepos.yscale = NULL, ylim,
                   ...)



参数----------Arguments----------

参数：x
a SpliceExprSet-class
SpliceExprSet-class


参数：probes.opt
optional parameters to be passed for the plotting of the Probes-class  
可选参数，可以通过Probes-class图


参数：expr.opt
optional parameters to be passed for the plotting of the ExpressionSet-class  
可选参数，可以通过ExpressionSet-class图


参数：fig.xratio
ratio between the left and right parts of the plot  
图的左边和右边的部分之间的比例


参数：fig.yratio
ratio between the upper and lower parts of the plot  
图的上部和下部之间的比例


参数：probepos.yscale
enforce "y" positions for the probes.  
执行“Y”为探针的位置。


参数：ylim
range for the y-axis
y轴的范围


参数：...
optional parameters to be passed to the function plot  
可选参数传递给函数plot


Details

详情----------Details----------

The argument probepos.yscale can be used to scale probes according to their position on the reference sequence, as shown in the last example below.
参数probepos.yscale可以用于大规模的探针根据其对参考序列中的位置，如下面的例子所示。


值----------Value----------

function used for its side-effect(s).
其副作用（S）的使用功能。


作者（S）----------Author(s)----------


laurent



参见----------See Also----------

SpliceExprSet-class
SpliceExprSet-class


举例----------Examples----------


data(spliceset)


levels(pData(spliceset@eset)$Material)
## Liver, Mix and SNB19[肝，混合和SNB19]
cl.mat <- c("red", "yellow","blue")[as.integer(pData(spliceset@eset)$Material)]
## colored in red, yellow and blue respectively[＃颜色以红色，黄色和蓝色分别]
plot(spliceset, expr.opt = list(col = cl.mat, log = "x"))

## sort[＃排序]
spliceset <- sort.SpliceExprSet(spliceset)
begin.pos <- spliceset@probes@pos[, 1]
plot(spliceset, expr.opt = list(col=cl.mat), probepos.yscale = begin.pos)


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