R语言 SPIA包 plotP()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

plotP(SPIA)
plotP()所属R语言包：SPIA

                                        SPIA two-way evidence plot
                                         SPIA双向证据图

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Plots each pathway as a point, using the over-representation p-value, pNDE, and perturbations accumulation p-value, pPERT, as coordinates.  In addition the regions where FDR and FWER adjusted pG values are less than the specified threshold are plotted. The function determines automatically which method (fisher or norminv) was used to combine the two p-values into pG, and plots the regions described above accordingly.
每个通路图作为一个点，表示过的P-值，pNDE，扰动积累的p值，pPERT，作为坐标。此外，区域FDR和FWER的调整PG值低于指定的阈值是绘制。功能自动确定方法（渔民或NORMINV）被用来组合成PG两个p值，并绘制以上所述相应的区域。


用法----------Usage----------


plotP(x,threshold=0.05)



参数----------Arguments----------

参数：x
A data frame produced by spia function.
spia函数产生一个数据框。


参数：threshold
A numerical value between 0 and 1 to be used as significance threshold in inferring pathway significance.
0和1之间的一个数值被用作通路的意义推断意义的阈值。


Details

详情----------Details----------

In this plot each pathway is a point and the coordinates are the log of pNDE (using a hypergeometric model) and the p-value from perturbations, pPERT. The oblique lines in the plot show the significance
在此图中每个通路是一个点的坐标是对pNDE的log（使用超几何模型）和p值从扰动，pPERT。在小区的斜行显示的意义


值----------Value----------

This function does not return any value. It only generates a plot.
此函数不返回任何值。只产生一个图。


作者（S）----------Author(s)----------


Adi Laurentiu Tarca <atarca@med.wayne.edu>, Purvesh Khatri, Sorin Draghici



参考文献----------References----------

Microarray Experiments, 2008, Bioinformatics, 2009, 25(1):75-82. <br>

参见----------See Also----------

spia
spia


举例----------Examples----------


# Examples use colorectal cancer dataset[例如使用大肠癌集]
data(colorectalcancer)

# pathway analysis based on combined evidence of ORA and perturbations[路径分析的基础上联合ORA和扰动的证据]
# use nB=2000 or larger for more accurate results[使用NB = 2000或更大更准确的结果]
res<-spia(de=DE_Colorectal, all=ALL_Colorectal, organism="hsa",nB=200,plots=FALSE,verbose=TRUE,beta=NULL,combine="fisher")

#Generate the evidence plot[产生的证据的图]
plotP(res,threshold=0.1)

res<-spia(de=DE_Colorectal, all=ALL_Colorectal, organism="hsa",nB=200,plots=FALSE,verbose=TRUE,beta=NULL,combine="norminv")

#Generate the evidence plot[产生的证据的图]
plotP(res,threshold=0.1)


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