R语言 SpeCond包 getSpecificOutliersStep1()函数中文帮助文档(中英文对照)

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getSpecificOutliersStep1(SpeCond)
getSpecificOutliersStep1()所属R语言包：SpeCond

                                        Detect the condition-specific as outliers in for the first step on the SpeCond procedure
                                         检测特定条件作为离群的上SpeCond程序的第一步

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Perform the first detection step of the SpeCond procedure. Use the fitting of the gene expression value with a mixture of normal distribution results and a set of rules to detect the outliers. It returns the outliers detected as specifically expressed for each gene.
执行的SpeCond过程中的第一个检测步骤。使用混合的正态分布结果和一套规则，来检测离群的基因表达值的拟合。它返回离群点发现特别为每一个基因的表达。


用法----------Usage----------


getSpecificOutliersStep1(expressionMatrix, fit1 = NULL,
param.detection = NULL, multitest.correction.method = "BY",
prefix.file = NULL, print.hist.pv = FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：expressionMatrix
the gene expression matrix (genes * conditions)
基因表达矩阵（基因*）


参数：fit1
the result of fitPrior containing the parameter of the mixture normal model of the expression data
fitPrior含有正常的混合模型参数的表达数据的结果


参数：param.detection
the parameter for the detection, a vector with the names ("per","md","mlk","rsd","pv") or the first row of the matrix obtained by getDefaultParameter or  createParameterMatrix
参数的检测，向量的名称（“每”，“MD”，“MLK”，“区域市政总署”，“PV”）或矩阵的第一行getDefaultParameter获得或createParameterMatrix


参数：multitest.correction.method
the multitest correction method. The default is "BY", for the possible values see p.adjust
了Multitest的校正方法。默认是“”，为可能的值看到p.adjust


参数：prefix.file
a prefix added to the generated file. The default is NULL but has to be set. It is useful to change the prefix when you perform a new analysis. As you may want to compare the results with different parameters set.
前缀添加到生成的文件。默认是空的，但必须设置。更改前缀，当你执行一个新的分析是非常有用的。正如你可能要比较的结果，用不同的参数集。


参数：print.hist.pv
to print in a pdf file the (non-adjusted) p-value histogram
在一个PDF文件打印（非调整）p值的直方图


Details

详情----------Details----------

Frist essential method to obtain the matrix of expression value from your ExpressionSet to apply the SpeCond procedure step by step using the following function fitPrior, fitNoPriorwithExclusion, getSpecificOutliersStep1, getSpecificResult. The returned matrix will be the expressionMatrix argument of the above function
弗里斯特必要的方法来获取从您ExpressionSet的矩阵表达式的值，使用下面的函数fitPrior，fitNoPriorwithExclusion，getSpecificOutliersStep1，getSpecificResult申请一步SpeCond过程步骤。返回矩阵将上述功能expressionMatrix参数


值----------Value----------

A list of size the number of rows (genes) in the expressionMatrix. If the gene has outlier expression, the column number of this outlier is stored, NULL if not.
大小的行数（基因）的expressionMatrix名单。如果该基因表达离群，这离群的列数存储，NULL，如果不是。


作者（S）----------Author(s)----------


Florence Cavalli, florence@ebi.ac.uk



参见----------See Also----------

fitPrior, SpeCond, getSpecificResult
fitPrior，SpeCond，getSpecificResult


举例----------Examples----------


library(SpeCond)
data(expressionSpeCondExample)
##Perform the SpeCond analysis step by step[＃通过的一步SpeCond分析一步]
param.detection=getDefaultParameter()
param.detection

fit1=fitPrior(expressionSpeCondExample, param.detection=param.detection)

specificOutlierStep1=getSpecificOutliersStep1(expressionSpeCondExample,
fit=fit1$fit1, param.detection, multitest.correction.method="BY",
prefix.file="run1_Step1", print.hist.pv=FALSE)

##then use fitNoPriorWithExclusion() and getSpecificResult()[然后使用fitNoPriorWithExclusion（）和getSpecificResult（）]

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