R语言 SpeCond包 getProfile()函数中文帮助文档(中英文对照)

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getProfile(SpeCond)
getProfile()所属R语言包：SpeCond

                                         Create the condition-specific profile of specific matrix result from SpeCond
                                         创建条件，特定的配置文件的从SpeCond具体矩阵的结果

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

getProfile converts a matrix of 0,1,-1 values in a matrix of one columns. Each row is transformed to a character chain of the values separated by comma.
getProfile0,1，-1值在一列的矩阵，矩阵转换。每一行是一个由逗号分隔的值转换为字符链。


用法----------Usage----------


getProfile(M.specific)



参数----------Arguments----------

参数：M.specific
Is a matrix result present in the SpeCond object result:  generalResult\$specificResult\$L.specific.result\$M.specific
是一个矩阵的结果目前在SpeCond对象的结果：generalResult \ $ specificResult \ $ L.specific.result \ $ M.specific


值----------Value----------


参数：M.specific.profile
a matrix of number of row as the M.specific matrix x 2 columns. The first column "profile" is the profile: character chain of the values in M.specific separated by commas. The second column of the 2 columns: "sum.row" is the number of condition in which the genes is specific (up or down regulated)
作为矩阵的行数的M.specific矩阵×2列。第一列的“档案”的轮廓：在M.specific由逗号分隔值的字符链。 2列第二列：“sum.row”是在该基因的具体条件（或下调）


参数：M.specific.profile.unique
a matrix of number of unique profile * number of conditions. The columns order is the same as M.specific
独特的外形条件*号的数字矩阵。列的顺序是相同M.specific


参数：M.specific.profile.table
a matrix of number of unique profile *2. The columns are: profile, nb.gene. The first column is the profile: character chain of the unique rows in M.specific separated by commas. The second column is the number of genes (rows) from M.specific which have this profile
矩阵的一些独特的外形* 2。列如下：轮廓，nb.gene。第一列是简介：由逗号分隔在M.specific的唯一行的字符链。第二列是从M.specific（行）的基因数量有此配置文件


作者（S）----------Author(s)----------


Florence Cavalli, florence@ebi.ac.uk



参见----------See Also----------

SpeCond, writeSpeCondResult, writeUniqueProfileSpecifcResult,
SpeCond，writeSpeCondResult，writeUniqueProfileSpecifcResult


举例----------Examples----------


library(SpeCond)
data(expressionSpeCondExample)
dim(expressionSpeCondExample)
##Perform the condition specific detection analysis with SpeCond()[＃执行的具体检测分析与SpeCond条件（）]
generalResult=SpeCond(expressionSpeCondExample, param.detection=NULL,
  multitest.correction.method="BY", prefix.file="E", print.hist.pv=TRUE, fit1=NULL,
  fit2=NULL, specificOutlierStep1=NULL)

##get the profiles for each gene[＃每个基因型材]
L.specific.result.profile=getProfile(generalResult$specificResult$L.specific.result
                                                      $M.specific)
##or[＃或]
specificResult=generalResult$specificResult
L.specific.result.profile=getProfile(specificResult$L.specific.result$M.specific)

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