snp.pre.multiply(snpStats)
snp.pre.multiply()所属R语言包：snpStats
Pre- or post-multiply a SnpMatrix object by a general matrix
前或后乘由一般的矩阵SnpMatrix对象
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
These functions first standardize the input SnpMatrix in the same way as does the function xxt. The standardized matrix is then either pre-multiplied (snp.pre.multiply) or post-multiplied (snp.post.multiply) by a general matrix. Allele frequencies for standardizing the input SnpMatrix may be supplied but, otherwise, are calculated from the input SnpMatrix
这些功能首先规范输入SnpMatrix以同样的方式，一样的功能xxt。标准化矩阵，然后预先乘以（snp.pre.multiply）或后乘以（snp.post.multiply）由通用矩阵。等位基因规范输入SnpMatrix的频率可能会提供，否则，计算输入SnpMatrix
用法----------Usage----------
snp.pre.multiply(snps, mat, frequency=NULL, uncertain = FALSE)
snp.post.multiply(snps, mat, frequency=NULL, uncertain = FALSE)
参数----------Arguments----------
参数：snps
An object of class "SnpMatrix" or "XSnpMatrix"
一个对象类"SnpMatrix"或"XSnpMatrix"
参数：mat
A general (numeric) matrix
一般（数字）矩阵
参数：frequency
A numeric vector giving the allele (relative) frequencies to be used for standardizing the columns of snps. If NULL, allele frequencies will be calculated internally. Frequencies should refer to the second (B) allele
一个数值向量，（相对）的等位基因为规范snps列被使用的频率。如果NULL，等位基因频率将内部计算。频率应该是指第二个（B）等位基因
参数：uncertain
If TRUE, uncertain genotypes are replaced by posterior expectations. Otherwise these are treated as missing values
如果TRUE，不确定的基因型被替换后的期望。否则，这些被视为遗漏值
Details
详情----------Details----------
The two matrices must be conformant, as with standard matrix multiplication. The main use envisaged for these functions is the calculation of factor loadings in principal component analyses of large scale SNP data, and the application of these loadings to other datasets. The use of externally supplied allele frequencies for standardizing the input SnpMatrix is required when applying loadings calculated from one dataset to a different dataset
两个矩阵必须符合性，与标准的矩阵乘法。主要使用的设想，这些功能是在大规模的SNP数据的主成分分析的计算因子载荷，这些载荷应用到其他数据集。计算负荷从一个数据集应用到一个不同的数据集时，需要使用外部提供的等位基因频率规范输入SnpMatrix的
值----------Value----------
The resulting matrix product
由此产生的矩阵产品
作者（S）----------Author(s)----------
David Clayton <a href="mailto:david.clayton@cimr.cam.ac.uk">david.clayton@cimr.cam.ac.uk</a>
参见----------See Also----------
xxt
xxt
举例----------Examples----------
##--[＃ - ]
##-- Calculate first two principal components and their loading, and verify[＃ - 计算前两个主成分和装载，并验证]
##-- [＃ - ]
# Make a SnpMatrix with a small number of rows[与少数的行1 SnpMatrix]
data(testdata)
small <- Autosomes[1:20,]
# Calculate the X.X-transpose matrix[计算X.X转置矩阵]
xx <- xxt(small, correct.for.missing=FALSE)
# Calculate the first two principal components and corresponding eigenvalues[计算前两个主要组成部分和相应的特征值]
eigvv <- eigen(xx, symmetric=TRUE)
pc <- eigvv$vectors[,1:2]
ev <- eigvv$values[1:2]
# Calculate loadings for first two principal components[计算前两个主成分载荷]
Dinv <- diag(1/sqrt(ev))
loadings <- snp.pre.multiply(small, Dinv %*% t(pc))
# Now apply loadings back to recalculate the principal components[现在适用于负荷重新计算的主要组成部分]
pc.again <- snp.post.multiply(small, t(loadings) %*% Dinv)
print(cbind(pc, pc.again))
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发表于 2012-2-26 14:48:18
