sm.compare(snpStats)
sm.compare()所属R语言包：snpStats
Compare two SnpMatrix objects
比较两个SnpMatrix对象
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
For quality control purposes, it is sometimes necessary to compare genotype data derived from different sources. This function facilitates this.
对于质量控制的目的，它有时是必要的，比较不同来源的基因型数据。这有利于该功能。
用法----------Usage----------
sm.compare(obj1, obj2, row.wise = TRUE, col.wise = TRUE)
参数----------Arguments----------
参数：obj1
The first of the two SnpMatrix objects to be compared
首先要比较两个SnpMatrix对象
参数：obj2
The second SnpMatrix object
第二SnpMatrix对象
参数：row.wise
Calculate comparison statistics aggregated in a row-wise manner
计算比较，统计汇总行明智地
参数：col.wise
Calculate column-wise comparison statistics
计算列明智的比较统计
Details
详情----------Details----------
Initially row and column names of the two objects are compared to identify subsets of subjects and SNPs which they have in common. Then, every instance of a SNP genotype in the two objects are compared and agreements and disagreements counted by row and/or by column.
最初的行和列名的两个对象进行比较，以确定他们的共同点科目和SNPs的子集。然后，每个SNP基因型在两个对象的实例进行比较和计算行和/或列的协议和分歧。
值----------Value----------
If only one of the row-wise and column-wise summaries are to be calculated, the return value is a matrix with rows defined by subjects or SNPs and columns giving counts of:
如果只有一个明智行和列明智的总结来计算，返回值是一个科目或SNPs和列提供的计数定义的行矩阵：
参数：Agree
Agreements (all)
协议（所有）
参数：Disagree
Disgreements (all)
disgreements（所有）
参数：NA.agree
Genotype coded NA in both objects
基因编码NA在两个对象
参数：NA.disagree
Genotype coded NA in only one object
基因编码NA只有一个对象
参数：Hom.agree
Objects agree and genotype is homozygous
对象的同意和基因型是纯合
参数：Hom.switch
Genotype coded as homozygous in both objects, but alleles switched
作为两个对象中的纯合子基因型编码，但等位基因交换
参数：Het.agree
Genotype coded as heterozygous in both objects
基因型为杂合子，在这两个对象的编码
参数：Het.Hom
Genotype coded as heterozygous in one object and homozygous in the other
编码一个对象，并在其他纯合子基因型为杂合子
If both row-wise and column-wise summaries are computed (the default behaviour) , the function returns a list containing two matrices of the form described above. These are named row.wise and col.wise
如果明智行和列明智的摘要计算（默认行为），该函数返回一个列表，其中包含两个矩阵上述表格。这些被名为row.wise和col.wise的
注意----------Note----------
No special provision is yet made for objects of class XSnpMatrix, in which haploid calls are coded as homozygous.
无特殊规定，但类XSnpMatrix，其中单倍体检测编码为纯合子的对象。
作者（S）----------Author(s)----------
David Clayton <a href="mailto:david.clayton@cimr.cam.ac.uk">david.clayton@cimr.cam.ac.uk</a>
参见----------See Also----------
SnpMatrix-class, XSnpMatrix-class
SnpMatrix-class，XSnpMatrix-class
举例----------Examples----------
##[＃]
## No example yet available[＃没有如尚未公布]
##[＃]
转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。
注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。
|
发表于 2012-2-26 14:47:25
