R语言 snpStats包 row.summary()函数中文帮助文档(中英文对照)

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row.summary(snpStats)
row.summary()所属R语言包：snpStats

                                        Summarize rows or columns of a snp matrix
                                         总结一个SNP矩阵的行或列

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

These function calculates summary statistics of each row or column of call rates and heterozygosity for each row of a an object of class "SnpMatrix" or "XSnpMatrix"
这些函数计算每一行或列的每一行拆借利率和杂一类"SnpMatrix"或"XSnpMatrix"对象的汇总统计


用法----------Usage----------


row.summary(object)
col.summary(object, rules = NULL, uncertain = TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：object
genotype data as a SnpMatrix-class or XSnpMatrix-class object
SnpMatrix-class或XSnpMatrix-class对象的基因型数据


参数：rules
An object of class "ImputationRules". If supplied, the rules coded in this object are used, together with the snp genotype data in object, to generate imputed SNPs. The column summary of these imputed data are then returned
对象类"ImputationRules"。如果提供，在此对象的编码规则，连同在objectSNP基因型数据，产生归咎于单核苷酸多态性。这些估算数据列的摘要，然后返回


参数：uncertain
If TRUE uncertain genotypes are used in calculation of allele and genotype frequencies (by scoring as posterior expectations). Otherwise, and for Hardy-Weinberg tests, they are ignored
如果TRUE不确定基因型计算基因型和等位基因频率（作为后路期望得分）。否则，Hardy-Weinberg平衡测试，它们将被忽略


值----------Value----------


参数：row.summary
returns a data frame with rows corresponding to rows of the input object and with columns/elements:   
与相应的输入对象的行与列/元素的行返回一个数据框：

Call.rate: Proportion of SNPs called  
call.rate：SNP的比例称为

Certain.calls: Proportion of called SNPs with certain calls  
certain.calls：所谓的单核苷酸多态性的比例与某些检测

Heterozygosity: Proportion of called SNPs which are heterozygous  
合度：所谓的单核苷酸多态性是杂合子的比例

Uncertain calls are ignored for calculating the heterozygosity.  
计算杂合度不确定通话将被忽略。


参数：col.summary
returns a data frame with rows corresponding to columns of the input object and with columns/elements:   
与相应的输入对象的列与列/元素的行返回一个数据框：

Calls: The number of valid calls  
呼叫：有效检测的数量

Call.rate: The proportion of genotypes called  
call.rate：基因型的比例称为

Certain.calls: Proportion of called SNPs with certain calls  
certain.calls：所谓的单核苷酸多态性的比例与某些检测

RAF: The "risk" allele (allele B) frequency  
英国皇家空军：“风险”等位基因（的等位基因B）频率

MAF: The minor allele frequency  
农林部：次要等位基因频率

P.AA: The frequency of homozygous genotype 1 (A/A)  
P.AA：1纯合子基因型（A / A）的频率

P.AB: The frequency of heterozygous genotype 2 (A/B)  
P.AB：2杂合子基因型（A / B）的频率

P.BB: The frequency of homozygous genotype 3 (B/B)  
P.BB：3纯合子基因型频率（/ B）

z.HWE: A z-test for Hardy-Weinberg equilibrium  
z.HWE：Z-测试一个Hardy-Weinberg平衡

For objects of class "XSnpMatrix", the following additional columns are returned:   
对于类对象"XSnpMatrix"，以下附加列返回：

P.AY: The frequency of allele A in males  
一个男性P.AY：等位基因频率

P.BY: The frequency of allele B in males  
P.BY：B等位基因频率在男性

Calls.female: The number of valid calls in females (only these calls are used in the z-test for HWE)  
calls.female：女性有效的检测号码（只有这些调用用于在Z-测试HWE）


注意----------Note----------

The current version of row.summary does not deal with the X chromosome
row.summary当前版本不处理带有X染色体的


作者（S）----------Author(s)----------


David Clayton <a href="mailto:david.clayton@cimr.cam.ac.uk">david.clayton@cimr.cam.ac.uk</a>



举例----------Examples----------


data(testdata)
rs <- row.summary(Autosomes)
summary(rs)
cs <- col.summary(Autosomes)
summary(cs)
cs <- col.summary(Xchromosome)
summary(cs)

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