R语言 snpStats包 misinherits()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

misinherits(snpStats)
misinherits()所属R语言包：snpStats

                                        Find non-Mendelian inheritances in family data
                                         非孟德尔遗产在家庭数据

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

For SNP data in families, this function locates all subjects whose parents are in the dataset and tests each SNP for non-Mendelian inheritances in these trios.
对于家庭中的SNP数据，这一功能定位的父母是在数据集和测试每个SNP在这些三重奏非孟德尔遗产的所有科目。


用法----------Usage----------


misinherits(ped, id, father, mother, data = sys.parent(), snp.data)



参数----------Arguments----------

参数：ped
Pedigree identifiers
谱系标识符


参数：id
Subject identifiers
主题标识符


参数：father
Identifiers for subjects' fathers
标识符为主体的父亲


参数：mother
Identifiers for subjects' mothers
标识符为主体的母亲


参数：data
A data frame in which to evaluate the previous four arguments
一个数据框，在评估前四个参数


参数：snp.data
An object of class "SnpMatrix" containing the SNP genotypes to be tested
一个类的对象"SnpMatrix"包含的SNP基因型进行测试


Details

详情----------Details----------

The first four arguments are usually derived from  a "pedfile". If a  data frame is supplied for the data argument, the first four arguments will be evaluated in this frame. Otherwise they will be evaluated  in the calling environment. If the arguments are missing, they will be  assumed to be in their usual positions in the pedfile data frame  i.e. in columns one to four.  If the pedfile data are obtained from a dataframe, the row names of the data and snp.data files will be used to align the pedfile and SNP data. Otherwise, these vectors will be assumed to be in the same order as the rows of snp.data.
通常来自“pedfile”的前四个参数。如果data参数提供一个数据框，前四个参数将被计算在这个框架。否则，他们将在调用的环境评估。如果缺少参数，它们将被假定在pedfile一列中的数据框，即他们一贯的立场是四。如果的pedfile数据从dataframe的获得，该行名称data和将被用于snp.data文件，对齐pedfile和SNP数据。否则，这些向量将被认为是在作为snp.data的行的顺序相同。


值----------Value----------

A logical matrix. Rows are subjects with any non-Mendelian inheritances and columns are SNPs with any non-Mendelian inheritances. The body of the matrix details whether each subject has non-Mendelian inheritance at each SNP. If a subject has no recorded genotype for a specific SNP, the corresponding element of the output matrix is set to NA.
一个逻辑矩阵。行与任何非孟德尔的继承和列与任何非孟德尔遗产的SNPs科目。身体的每个题目是否有非孟德尔遗传在每个SNP矩阵细节。如果一个问题有没有一个特定的SNP，记录基因型输出矩阵相应元素设置为NA。


作者（S）----------Author(s)----------


David Clayton <a href="mailto:david.clayton@cimr.cam.ac.uk">david.clayton@cimr.cam.ac.uk</a>



参见----------See Also----------

tdt.snp
tdt.snp


举例----------Examples----------


data(families)
misinherits(data=pedData, snp.data=genotypes)

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