R语言 snm包 snm.fitted()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

snm.fitted(snm)
snm.fitted()所属R语言包：snm

                                         Extract fitted values from an snm object
                                         提取从SNM对象的拟合值

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Computes fitted values under models used in snm normalization.
根据模型计算拟合值snm标准化。


用法----------Usage----------


snm.fitted(object, ...)
## S3 method for class 'snm'
fitted(object, ...)



参数----------Arguments----------

参数：object
Output from the snm function.  
snm函数的输出。


参数：...
Not used.  
不使用。


Details

详情----------Details----------

Returns the fitted values under the "null model" (adjustment variables only) and the "full model" (adjustment variables + biological variables).
返回“空模型”（调节变量）和“全模式”（调整变量+生物变量）下的拟合值。


值----------Value----------


参数：fit0
Linear model fits when regression each probe's normalized data on the null model, ~adj.var.  
适合线性模型回归时，空模型规范化的数据，每个探针的~adj.var。


参数：fit1
Linear model fits when regression each probe's normalized data on the full model, ~adj.var+bio.var.   
适合线性模型回归时，完整的模型规范化的数据，每个探针的~adj.var+bio.var。


注意----------Note----------

These fits are useful for investigating the quality of the study-specific model used in the normalization.  For example, the residuals can be obtained from the full model fit and examined for latent structure.
这些配合调查标准化中所使用的特定的研究模型的质量是非常有用的。例如，残差可以得到充分的模型拟合，并为潜在的结构研究。


作者（S）----------Author(s)----------



John D. Storey <jstorey@princeton.edu>




参考文献----------References----------

microarrays. Bioinformatics, 26: 1308-1315.

参见----------See Also----------

snm, sim.singleChannel
snm，sim.singleChannel


举例----------Examples----------


## Not run: [＃无法运行：]
singleChannel <- sim.singleChannel(12345)
snm.obj <- snm(singleChannel$raw.data,
                      singleChannel$bio.var,
                      singleChannel$adj.var[,-6],
                      singleChannel$int.var, num.iter=10)
snm.fit = fitted(snm.obj)
res1 = snm.obj$norm.dat - snm.fit$fit1
snm.svd = fast.svd(res1)
cor(snm.svd$v[,1], singleChannel$adj.var[,6])
plot(snm.svd$v[,1], singleChannel$adj.var[,6])

## End(Not run)[＃结束（不运行）]

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。