R语言 snapCGH包 runHomHMM()函数中文帮助文档(中英文对照)

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runHomHMM(snapCGH)
runHomHMM()所属R语言包：snapCGH

                                        A function to fit unsupervised Hidden Markov model
                                         一个功能，适合无监督的隐马尔可夫模型

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function fits an unsupervised Hidden Markov model to a given MAList or SegList
此功能适合无监督的隐马尔可夫模型的一个给定的MAList或SegList


用法----------Usage----------


runHomHMM(input, vr = 0.01,
                maxiter = 100, criteria = "AIC", delta = NA,
                full.output = FALSE, eps = 0.01)



参数----------Arguments----------

参数：input
an object of class MAList or SegList
对象类MAList或SegList


参数：vr
Gets passed to the function repeated::hidden as the pshape argument.
被传递给函数的repeated::hiddenpshape参数。


参数：maxiter
Gets passed to the function repeated::hidden as the iterlim argument.  
被传递给函数的repeated::hiddeniterlim参数。


参数：criteria
Choice of which selection criteria should be used in the algorithm.  The choices are either AIC or BIC </table>
选择哪一种选择标准应采用的算法。选择AIC或者BIC的</ TABLE>


参数：delta
Delta value used of the BIC is selected.  If no value is entered it defaults to 1.
被选中的BIC使用的Delta值。如果没有输入值，默认为1。


参数：full.output
if true the SegList output includes a probability that a clone is in its assigned state and a smoothed value for the clone.
如果属实SegList输出包括概率，在分配给它的状态是一个克隆和克隆的平滑值。


参数：eps
parameter controlling the convergence of the EM algorithm.  
参数控制的EM算法的收敛。


参见----------See Also----------

runDNAcopy runGLAD SegList
runDNAcopyrunGLADSegList

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注：
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