normPCR(SLqPCR)
normPCR()所属R语言包:SLqPCR
Normalization of real-time quantitative RT-PCR data
实时定量RT-PCR数据的标准化
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function can be used to normalize real-time quantitative RT-PCR data.
此功能可用于实时定量RT-PCR数据标准化。
用法----------Usage----------
normPCR(relData, HKs, method = "Vandesompele", na.rm = FALSE)
参数----------Arguments----------
参数:relData
matrix or data.frame containing relative quantities (genes in columns)
矩阵或数据框包含相对数量(列的基因)
参数:HKs
integer, column numbers of housekeeping genes
整数,列数看家基因
参数:method
method for the computation
计算方法
参数:na.rm
a logical value indicating whether NA values should be stripped before the computation proceeds.
一个逻辑值,指示是否NA值前应计算收益剥离。
Details
详情----------Details----------
This function can be used to normalize real-time quantitative RT-PCR data. The default method "Vandesompele" was proposed by Vandesompele et al. (2002).
此功能可用于实时定量RT-PCR数据标准化。默认的方法"Vandesompele"提出由Vandesompele等。 (2002年)。
Currently, only the method by Vandesompele et al. (2002) is implemented.
目前,只有由Vandesompele等方法。 (2002年)实施。
值----------Value----------
Normalized expression data
规范化表达数据
作者(S)----------Author(s)----------
Dr. Matthias Kohl (SIRS-Lab GmbH) <a href="mailto:kohl@sirs-lab.com">kohl@sirs-lab.com</a>
参考文献----------References----------
normalization of real-time quantitative RT-PCR data by geometric averaging of multiple internal control genes. Genome Biology 2002. 3(7):research0034.1-0034.11. http://genomebiology.com/2002/3/7/research/0034/
举例----------Examples----------
data(SLqPCRdata)
relData <- apply(SLqPCRdata, 2, relQuantPCR)
geneStabM(relData[,c(3,4)])
exprData <- normPCR(SLqPCRdata, c(3,4))
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