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modelSLGI(SLGI)
modelSLGI()所属R语言包：SLGI

                                        Permutation model for assessing synthetic genetic interactions in
                                         合成基因的相互作用，在评估置换模型

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Permutation model for assessing synthetic genetic interactions within and between cellular organizational units such as multi-protein complexes.
评估内部和合成的遗传相互作用，如多蛋白质复合物的单元组织单位之间的排列模式。


用法----------Usage----------


modelSLGI(iMat, universe, interactome,  type="intM", perm=50)



参数----------Arguments----------

参数：iMat
Adjacency matrix reporting genetic interactions. Each entry has value 0 or 1, representing positive or negative interaction of corresponding pairs of row and column.
邻接矩阵报告基因的相互作用。每个条目都有值0或1，即相应的对行和列的积极或消极的互动。


参数：universe
character vector of the names of the tested genes, e.g., names of the genes on the synthetic genetic array (SGA) used by Tong et al.
特征向量的基因测试，例如，基因合成基因阵列（SGA），Tong等使用的名称的名称。


参数：interactome
Adjacency matrix where row are genes and columns are cellular organizational units. Each entry has value 0 or 1, for absence or presence of a gene in a complex.
其中行是基因和列的邻接矩阵是单元组织单位。每个条目都有值0或1，在一个复杂的基因缺失或存在。


参数：type
Character vector of value "intM" (Default) or "interactome" to either perform the test based on to the genetic interaction matrix or the interactome, respectively.
字符值“INTM”（默认）或“相互作用组”的向量，无论是执行基于遗传相互作用矩阵或相互作用组，分别测试。


参数：perm
Number of permutations to apply. Default is 50.
排列申请数目。默认值是50。


值----------Value----------

Interaction matrix between cellular organizational units.
单元组织单位之间的互动矩阵。


作者（S）----------Author(s)----------


N. LeMeur



参见----------See Also----------

getInteraction
getInteraction


举例----------Examples----------


data(ScISIC)
data(Atong)
data(SGA)
model <-  modelSLGI(Atong, universe= SGA, interactome=ScISIC,
type="intM", perm=2)

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