R语言 SLGI包 Boeke()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

Boeke(SLGI)
Boeke()所属R语言包：SLGI

                                        Incidence matrix of Synthetic Lethal interaction from the Boeke Lab
                                         从Boeke实验室合成致死互动的关联矩阵

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Data from Pan et al. experiments on DNA integrity Network in the Yeast S. cerevisiae.
从潘等人的数据。在酵母酿酒酵母的DNA完整性的网络实验。


用法----------Usage----------


data(Boeke2006raw)
data(Boeke2006)



格式----------Format----------

Boeke2006raw is a data frame with 5775 observations on the following 6 variables.
Boeke2006raw是一个有5775对以下6个变量的观测数据框。




Query.ORF ORF associated with the query gene.
Query.ORF框与查询基因相关。




Query.Gene Common name of the query gene.
Query.Gene查询基因的通用名称。




Target.ORF ORF for the array gene.
Target.ORF的ORF阵列基因。




Target.Gene Common name of the array gene.
Target.Gene阵列基因的通用名称。




RSA Random spore analysis
RSA随机孢子分析




Tetrad Tetrad dissection
Tetrad四分体解剖

Boeke2006 is an incidence matrix is a 74 by 843 adjacency matrix of the systematic genetic  interactions identified between 74 query genes and the deletion gene set in Pan et al.(2004). The row names correspond to the systematic (ORF) names for the 74 query genes. The column names correspond to the systematic (ORF) names of the 843 reporter genes, which showed a synthetic lethal or synthetic sick  interaction with at least one query genes. Values are 0 or 1, with a 1 indicating the occurrence of the genetic interaction between the gene pairs.
Boeke2006是一个关联矩阵是一个由74 843 74查询基因和基因缺失Pan等人（2004）之间确定系统的遗传相互作用的邻接矩阵。行名称对应系统（ORF），74个查询基因的名称。列名对应的系统（ORF），843记者的基因，这表明至少有一个查询基因的一种人工合成的致死或合成生病互动的名字。值是0或1，用1表示对基因之间的遗传相互作用的发生。


Details

详情----------Details----------

In Pan et al (2006), the authors provide this note. Note: SL - synthetically lethal;  SF/SL-very severe synthetic fitness defects;  SF-obvious but modest synthetic fitness defects;  SF (slight) - slight synthetic fitness defect. Approximately 10% of the  positive interactions presented here were not scored as positive in the  dSLAM screens.  These were individually tested because we wanted to make  sure that they were indeed false negatives in the dSLAM screens.  We also  note that there is a small chance that the interactions scored as positive in  RSA (random spore analysis) might not reflect direct growth defects of the  double mutants but rather, the double mutants are defective in expressing the  MFA1pr-HIS3 reporter.
潘等人（2006），作者提供了这张纸条。注：SL  - 综合致命的SF / SL合成健身缺陷非常严重; SF明显，但温和的合成健身缺陷; SF（轻微） - 轻微的合成健身缺陷。这里介绍的良性互动，约10％没有正面在DSLAM屏幕的得分。这些单独测试，因为我们要确保他们确实是在DSLAM屏幕假阴性。我们还注意到，有一个小的机会取得RSA（随机孢子分析）的相互作用为阳性，可能不会直接反映的双突变体的生长缺陷，而是双突变体中表达的MFA1pr HIS3记者缺陷。


源----------Source----------

The data were extracted from Pan et al (2004) and Table S1 of Pan et al. (2006).
Pan等（2004）和Pan等表S1中提取数据。 （2006年）。


参考文献----------References----------

A DNA integrity network in the yeast Saccharomyces cerevisiae. Cell. 2006 Mar 10;124(5):1069-81
Spencer F, Boeke JD. A robust toolkit for functional profiling of the yeast genome. Mol Cell. 2004 Nov 5;16(3):487-96.

参见----------See Also----------

dSLAM.GPL1444, and dSLAM
dSLAM.GPL1444，dSLAM

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