R语言 SIM包 sim.plot.pvals.on.region()函数中文帮助文档(中英文对照)

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sim.plot.pvals.on.region(SIM)
sim.plot.pvals.on.region()所属R语言包：SIM

                                        P-value histograms and P-values along the genome per region
                                         P值直方图和沿每个区域的基因组的P值

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Generates two plots of the P-values for an analyzed region. The first plot contains the    distribution of the raw P-values and ranked plots of the raw and adjusted P-values.  The second plot contains the P-values along the genome of analyzed input regions.
产生两个图为分析区域的P值。第一图包含了原始的P值排名图的原材料和调整后的P-值的分布。第二个图包含沿线的基因组分析的输入区域的P值。


用法----------Usage----------


sim.plot.pvals.on.region(input.regions = c("all chrs"),
                                                 significance = 0.2,         
                         adjust.method = "BY",  
                         method = c("full", "smooth", "window", "overlap"),  
                         run.name = "analysis_results", ...)



参数----------Arguments----------

参数：input.regions
vector indicating the dependent regions to be analyzed. Can be defined in four ways: 1) predefined input region:  insert a predefined input region, choices are:  “all chrs”,  “all chrs auto”,  “all arms”,  “all arms auto”  In the predefined regions “all arms” and “all arms auto” the arms 13p, 14p, 15p, 21p and 22p  are left out, because in most studies there are no or few probes in these regions.  To include them, just make your own vector of arms.  2) whole chromosome(s):  insert a single chromosome or a list of chromosomes as a  vector:  c(1, 2, 3).  3) chromosome arms:  insert a single chromosome arm  or a list of chromosome arms like  c("1q", "2p", "2q"). 4) subregions of a chromosome:  insert a chromosome number followed by the start and end position like  "chr1:1-1000000"  These regions can also be combined, e.g. c("chr1:1-1000000","2q", 3). See integrated.analysis for more information.   
vector表明依赖区域进行分析。可以定义在四个方面：1) predefined input region: 插入一个预定义的输入区域，选择是：“所有CHRS”，“所有CHRS汽车”，“武器”，“所有武器的汽车”在预定区域“所有武器”和“所有自动武器”的武器，13P，14P，15P，21P和22P冷落，因为在大多数研究中，有没有在这些区域或几个探针。包括他们，才使自己的武器向量。 2) whole chromosome(s): 插入一个vector:c(1, 2, 3)的一个单一的染色体或染色体列表。 3) chromosome arms: 插入一个单一的染色体或染色体臂像c("1q", "2p", "2q")名单。 4) subregions of a chromosome: 插入一个染色体数目的开始和结束位置，如"chr1:1-1000000"这些区域也可以结合，如c("chr1:1-1000000","2q", 3)。看到integrated.analysis更多信息。


参数：significance
The threshold for selecting significant P-values.
选择显著P值的阈值。


参数：adjust.method
Method used to adjust the P-values for multiple testing. see p.adjust Default is “BY” recommended when copy number is used as dependent data.  See SIM for more information about adjusting P-values.
使用的方法调整为多重检验的P值。 p.adjust默认为“”拷贝数相关数据时，建议。关于调整P值的更多信息，请参阅SIM卡。


参数：method
this must be the either full, window, overlap or smooth but the data should generated by the  same method in integrated.analysis.
这必须是要么全，窗口，重叠或顺利，但数据应产生同样的方法在integrated.analysis。


参数：run.name
This must be the same a given to integrated.analysis
这必须是相同的一个给定的integrated.analysis


参数：...
Arguments to be passed to pdf.
参数被传递到pdf。


Details

详情----------Details----------

This function returns a pdf containing the P-value plots. The second plot contains the multiple testing corrected P-values  plotted along the chromosome (arm).  On the x-axis, the start positions of the dependent features are displayed. On the y-axis, the P-value levels are displayed.  Two dotted lines indicate P-value levels 0.2 and 0.1. In general,  P-values below 0.2 are said to be “significant”.
这个函数返回一个包含的P-值图的PDF。第二个图包含多个测试，校正P值沿染色体（臂）绘制。在x轴的起始位置，相关的功能显示。上的Y轴，显示P值水平。两条虚线表示P值0.2和0.1的水平。在一般情况下，P值低于0.2被认为是“重大”。


值----------Value----------

No values are returned. The results are stored in a subdirectory of run.name as pdf.
没有返回值。结果被存储在run.name为PDF的子目录。


作者（S）----------Author(s)----------


Marten Boetzer, Melle Sieswerda, Renee X. de Menezes  <a href="mailto:R.X.Menezes@lumc.nl">R.X.Menezes@lumc.nl</a>



参见----------See Also----------

SIM,  sim.plot.pvals.on.genome
SIM卡，sim.plot.pvals.on.genome


举例----------Examples----------


#first run example(assemble.data)[第一次运行的例子（assemble.data）]
#and example(integrated.analysis)[和例如（integrated.analysis）]
#plot the p-values along the regions[绘制沿线区域的P-值]
sim.plot.pvals.on.region(input.regions="8q",                                                       
                                 adjust.method="BY",
                                                 method="full",
                                                 run.name="chr8q")

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