R语言 SIM包 link.metadata()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

link.metadata(SIM)
link.metadata()所属R语言包：SIM

                                        Link a metadata annotation file to expression ID
                                         连接元数据注释文件，以表达编号

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Get annotation out of a AnnotationData package and link them to the expression data  using the expression probe ID's
获取注释一个AnnotationData包和连接它们的表达数据，使用的表达探针ID


用法----------Usage----------


link.metadata(data = expr.data,
              col.ID.link = 1,
              chr = as.list(hgu133plus2CHR),
              chrloc = as.list(hgu133plus2CHRLOC),
              symbol = as.list(hgu133plus2SYMBOL))



参数----------Arguments----------

参数：data
data.frame with expression data including an expression probe ID column.
data.frame表达数据，包括表达探针ID列。


参数：col.ID.link
numeric value, specifying the column of data that contains the ID to link with the poslist.
数值，指定的列data包含ID连接poslist。


参数：chr
list specifying the metadata annotation of the chromosome location on the genome.
list指定的元数据注释的基因组染色体上的位置。


参数：chrloc
list specifying the metadata annotation of the  location of the probe on the chromosome.
list指定的探针在染色体上的位置元数据注释。


参数：symbol
list specifying the metadata annotation of the symbol corresponding to the probe.
list探针对应的符号指定的元数据注释。


Details

详情----------Details----------

Often, the annotation for expression array probes lack chromosome position information. Therefore,  this function adds the two required columns to run the integrated.analysis: "CHROMOSOME" and "STARTPOS". In addition, the optional column, "Symbol" is added.
通常情况下，缺乏表达阵列探测的注释染色体上的位置信息。因此，此功能添加所需的两列，运行integrated.analysis：“染色体”和“STARTPOS”。此外，可选的列，“符号”添加。


值----------Value----------

A data.frame is returned, containing a dataset with annotation columns  which can be used forintegrated.analysis.
一个data.frame返回，包含一个注解可用于forintegrated.analysis的列的数据集。


作者（S）----------Author(s)----------


Marten Boetzer, Melle Sieswerda, Renee x Menezes  <a href="mailto:R.X.Menezes@lumc.nl">R.X.Menezes@lumc.nl</a>



参见----------See Also----------

RESOURCERER.annotation.to.ID



举例----------Examples----------



# first download and install the AnnotationData package for your expression array platform[首先下载并安装表达阵列平台AnnotationData包]
# for example[例如]
## Not run: library(hgu133plus2)[＃不运行：图书馆（hgu133plus2）]
## Not run: expr.data &lt;- link.metadata(data, col.ID.link = 1, chr = as.list(hgu133plus2CHR), [＃无法运行：expr.data < -  link.metadata（数据，col.ID.link 1，CHR = as.list（hgu133plus2CHR）]
chrloc = as.list(hgu133plus2CHRLOC), symbol = as.list(hgu133plus2SYMBOL))
## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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