R语言 simpleaffy包 read.affy.mixed()函数中文帮助文档(中英文对照)

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read.affy.mixed(simpleaffy)
read.affy.mixed()所属R语言包：simpleaffy

                                         Read a Set of .CEL Files and Phenotypic Data from mixed chip types
                                         CEL文件和混合芯片类型的表型数据读一组。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Reads the specified file, which defines phenotypic data for a set of .CEL files. Reads the specified files into an AffyBatch object and  then creates a phenoData object, defining the experimental factors   for those chips. This function deals with different array types by generating a pseudo arrayset containing only the probes in common. It does this by finding the smallest chip type in the set, and using this as a template. Probesets that aren't shared are set to 0. Other probesets are copied in. Note that this means that spots that were in one place on one array, appear to be at a different place on another. What this does to position specific background correction algorithms (such as mas5) is left as an exercise to the reader). Beware...
读取指定的文件，它定义为一组。CEL文件的表型数据。成AffyBatch对象读取指定的文件，然后创建一个phenoData对象，确定这些芯片的实验因素。涉及此功能只包含在共同的探针生成一个伪arrayset不同的数组类型。它通过寻找集合中最小的芯片类型，并使用此作为模板。不共享的probesets设置为0。其他probesets是复制。注意点，这意味着一个数组，在一个地方，似乎是在另一个不同的地方。这定位特定的背景校正算法（如mas5）留给读者的练习）。当心...


用法----------Usage----------


read.affy.mixed(covdesc = "covdesc",path=".", ...)



参数----------Arguments----------

参数：covdesc
A white space delimited file suitable for reading as a data.frame. The first column (with no column name)    contains the names(or paths to) the .CEL files to read. Remaining columns (with names) represent experimental factors  for each chip. these become elements of the phenoData object.   
适合读取data.frame的一个白色的空间分隔的文件。第一列（没有列名）中包含的名称（或路径）。CEL文件阅读。其余列（名）代表每个芯片的实验因素。这些成为元素phenoData对象。


参数：...
extra functions to pass on to ReadAffy  
额外的功能，通过ReadAffy


参数：path
The path to prefix the filenames with before calling ReadAffy   
前调用ReadAffy前缀的文件名与路径


值----------Value----------

An AffyBatch object
一个AffyBatch对象


作者（S）----------Author(s)----------


Crispin J Miller



参考文献----------References----------

<h3>See Also</h3>   <code>ReadAffy</code>, <code>AffyBatch</code> <code>data.frame</code>

举例----------Examples----------


  ## Not run: [＃无法运行：]
    eset &lt;- read.affy.mixed(); # read a set of CEL files[读CEL文件集]
  
    eset.rma <- call.exprs(eset,"rma");   
  
## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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