R语言 simpleaffy包 qc.affy()函数中文帮助文档(中英文对照)

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qc.affy(simpleaffy)
qc.affy()所属R语言包：simpleaffy

                                         Generate Affymetrix Style QC Statistics
                                         产生Affymetrix公司的QC统计

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Generate QC data for Affymetrix arrays
Affymetrix公司的阵列产生的QC数据


用法----------Usage----------


qc.affy(unnormalised,normalised=NULL,tau=0.015,logged=TRUE,
        cdfn=cdfName(unnormalised))



参数----------Arguments----------

参数：unnormalised
An unnormalised raw AffyBatch object to call qc stats on  
一个unnormalised原料AffyBatch对象调用QC统计


参数：normalised
The same one, processed using justMAS (contains scale factors etc.). If not supplied, then the object gets calculated internally.  
同一个，处理使用justMAS（包含比例因子等）。如果没有提供，那么对象被内部计算。


参数：tau
used by detection p value
用于检测p值


参数：logged
True if the data is logged  
如果数据记录


参数：cdfn
The cdf name for the array - can be used to specify a different set of probes to the default   
CDF的阵列名称 - 可用于指定一个不同的探针设置为默认


Details

详情----------Details----------

Affymetrix recommend a series of QC metrics that should be used to check that arrays have hybridised correctly and that sample quality is acceptable. These are discussed in the document 'QC and Affymetrix data' accompanying this package, and on the web at http://bioinformatics.picr.man.ac.uk. They are described in detail in the 'Expression Analysis Fundamentals' manual available from Affymetrix.
Affymetrix公司推荐一系列的质量控制指标的，应当用于检查阵列hybridised的正确，该样品的质量是可以接受的。讨论这些文件的质量控制和Affymetrix数据的陪同这个包，并在http://bioinformatics.picr.man.ac.uk网页上。他们详细描述了在“表达分析基础”手册，可从Affymetrix公司。

This function takes an (unnormalised) AffyBatch object, and (optionally)  an ExprSet, with MAS expression calls produced by call.exprs and generates QC metrics. If the MAS calls are not supplied these are claculated internally.
此功能需要（unnormalised）AffyBatch的对象，和（可选）一个ExprSet，MAS的表达call.exprs并生成质控指标要求。 MAS的检测如果不提供这些claculated内部。


值----------Value----------

A QCStats object describing the supplied AffyBatch
一个QCStats对象描述提供AffyBatch


作者（S）----------Author(s)----------


Crispin J Miller



举例----------Examples----------


  ## Not run: [＃无法运行：]
     qcs <- qc(eset)
  
## End(Not run)[＃结束（不运行）]
  data(qcs)
  ratios(qcs)
  avbg(qcs)
  maxbg(qcs)
  minbg(qcs)
  spikeInProbes(qcs)
  qcProbes(qcs)
  percent.present(qcs)
  plot(qcs)
  sfs(qcs)
  target(qcs)
  ratios(qcs)

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注：
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