justMAS(simpleaffy)
justMAS()所属R语言包:simpleaffy
Generate Expression calls using a C implementation of the MAS 5.0 Algorithm
使用MAS的C实现5.0算法生成表达式调用
译者:生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Implements the MAS5.0 background correction, expression summary and scaling functions as described in Affy's 'Statistical Algorithms Description Document'
实现MAS5.0背景校正,表达总结和缩放功能Affy的统计算法描述文件“中所述
用法----------Usage----------
justMAS(unnormalised,tgt=100,scale=TRUE)
参数----------Arguments----------
参数:unnormalised
An unnormalised AffyBatch object
一个unnormalised AffyBatch对象
参数:tgt
The target intensity to scale array to, if scaling.
目标强度扩展阵列,如果缩放。
参数:scale
Scale the data to the specified target intensity.
数据缩放到指定的目标强度。
Details
详情----------Details----------
Uses a C code implementation of the MAS5.0 algorithm (As described in Affymetrix's 'Statistical Algorithms Reference Guide' - see http://www.affymetrix.com, and in Hubbell et al. (2002) Robust Estimators for expression analysis. Bioinformatics 18(12) 1585-1592). Note that this function returns log2 data.
使用的Affymetrix公司的统计算法参考指南“中所述的MAS5.0算法(C代码实现 - 见http://www.affymetrix.com,哈贝尔等人(2002)稳健估计的表达分析的生物信息学。 18(12)1585年至1592年)。请注意,这个函数返回log2数据。
值----------Value----------
An AffyBatch object, with, in addition, scale-factors for each array stored in the object's description@preprocessing@sfs slot, and the target intensity the arrays were scaled to in description@preprocessing@tgt
一个AffyBatch对象,此外,规模因素为每个阵列存储对象的description@preprocessing@sfs插槽,目标强度的阵列,缩放在description@preprocessing@tgt
作者(S)----------Author(s)----------
Crispin J Miller
参考文献----------References----------
<h3>See Also</h3>
举例----------Examples----------
## Not run: [#无法运行:]
eset.mas <- justMAS(eset.mas);
## End(Not run)[#结束(不运行)]
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注:
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