R语言 simpleaffy包 detection.p.val()函数中文帮助文档(中英文对照)

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detection.p.val(simpleaffy)
detection.p.val()所属R语言包：simpleaffy

                                         Calculate Detection p-values
                                         计算检测p-值

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Calculate MAS5 detection pvalues and Present Marginal Absent calls. This is an implementation based on the algorithm described in  Liu, Mei et al. (2002) 'Analysis of high density expression microarrays with signed-rank call algorithms', Bioinformatics 18(12) pp1593-1599.
计算MAS5的检测pvalues和呈现边际缺席调用。这是刘美等描述的算法的一个实现。 （2002年）“的分析与签名秩呼叫算法的高密度表达芯片，生物信息学18（12），pp1593-1599。


用法----------Usage----------


detection.p.val(x, tau = NULL,calls=TRUE,alpha1=NULL,alpha2=NULL,ignore.saturated=TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：x
An unnormalised AffyBatch object  
一个unnormalised AffyBatch对象


参数：tau
Errrmmm... tau  
errrmmm ...头


参数：alpha1
Present-Marginal threshold  
目前，边际阈值


参数：alpha2
Marginal-Absent threshold  
边际缺席阈值


参数：calls
if true, generate PMA calls  
如果属实，产生PMA的检测


参数：ignore.saturated
if true do the saturation correction described in the paper, with a saturation level of 46000  
如果真正做到了46000饱和水平在论文中描述的饱和度校正，


值----------Value----------

A list:
一个列表：


参数：pval
A matrix of detection p values
检测P值矩阵


参数：call
A matrix of PMA calls
PMA的矩阵调用


注意----------Note----------

alpha1 and alpha2 are parameters that change according to the chip type you are using. If they are not specified, the function uses the current QC environment to find them, and attempts to set one up if it is not there. This is done with an internal call to the function setQCEnvironment. If it is unable to find the appropriate config files, this will cause an error. See setQCEnvironment for more details.
alpha1和alpha2是根据您正在使用的芯片类型，改变的参数。如果它们没有被指定，该函数使用目前的QC环境，找到他们，并试图设置一个，如果它不存在。这是内部通话功能setQCEnvironment。如果无法找到合适的配置文件，这将导致错误。看到setQCEnvironment更多细节。


作者（S）----------Author(s)----------


Crispin J Miller



参考文献----------References----------

<h3>See Also</h3>   <code>setQCEnvironment</code>

举例----------Examples----------


   ## Not run: [＃无法运行：]
     dpv <- detection.p.val(eset);
   
## End(Not run)[＃结束（不运行）]

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