R语言 simpleaffy包 simpleaffy-deprecated ()函数中文帮助文档(中英文对照)

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simpleaffy-deprecated (simpleaffy)
simpleaffy-deprecated ()所属R语言包：simpleaffy

                                         Does simpleaffy have a QC definition file for the specified array?
                                         不simpleaffy有一个指定数组的QC定义文件？

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

The underlying implementation of simpleaffy has changed significantly and it now represents QC parameters differently. In particular, it loads only the QC data for the specified array type. A call to any of these functions loads the appropriate environment specifed by name. They therefore been deprecated and WILL disappear from simpleaffy in the future.
底层实现的simpleaffy已显着改变，它现在代表QC参数不同。特别是，它仅加载指定的数组类型的QC数据。这些功能的调用加载name指定适当的环境。因此，他们被弃用，并将在未来消失simpleaffy。


用法----------Usage----------


  getTao(name)
  getAlpha1(name)
  getAlpha2(name)
  getActin3(name)
  getActinM(name)
  getActin5(name)
  getGapdh3(name)
  getGapdhM(name)
  getGapdh5(name)
  getAllQCProbes(name)
  getBioB(name)
  getBioC(name)
  getBioD(name)
  getCreX(name)
  getAllSpikeProbes(name)
  haveQCParams(name)



参数----------Arguments----------

参数：name
The 'clean' CDF name of the array (i.e. the result of calling cleancdfname on the cdfName  of the AffyBatch object containing the array data of interest.
“干净”民防数组的名称（即调用的结果cleancdfnamecdfName的AffyBatch对象包含感兴趣的阵列数据。


Details

详情----------Details----------

Each of these functions has been replaced by a new function of the form qc.get.. In order to support ratios other than gapdh and beta-actin, the appropriate way to get ratios is now to use qc.get.ratios, which will return a table containing all suggested ratio calculations for the array. Similarly, qc.get.spikes will return a table containing all spike probesets for the array.
这些功能都已经被替换的形式qc.get.的新功能。为了支持比率GAPDH和β-肌动蛋白以外，适当的方式来获得比现在使用qc.get.ratios，这将返回一个表，其中包含阵列中的所有建议的比例计算。同样，qc.get.spikes将返回一个表，其中包含阵列中的所有尖峰probesets。


值----------Value----------

None.
没有。


作者（S）----------Author(s)----------


Crispin J Miller



参考文献----------References----------

<h3>See Also</h3>   <code>setQCEnvironment</code> <code>qc</code> <code>qc.ok</code> <code>cdfName</code> <code>cleancdfname</code> <code>qc.get.ratios</code> <code>qc.get.spikes</code> <code>qc.get.probes</code>

举例----------Examples----------


  #old[老]
  getBioB("hgu133plus2cdf")
  getActin3("hgu133plus2cdf")
  getActinM("hgu133plus2cdf")
  getActin5("hgu133plus2cdf")
  #new[新]
  setQCEnvironment("hgu133plus2cdf")
  qc.get.spikes()["bioB"]
  r <- qc.get.probes()
  r["actin3"]
  r["actinM"]
  r["actin5"]

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