R语言 sigPathway包 rankPathways()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

rankPathways(sigPathway)
rankPathways()所属R语言包：sigPathway

                                        Summarizes Top Pathways from Pathway Analyses
                                         总结从通路分析的热门途径

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Summarizes top pathways from pathway analyses.
从通路分析，总结了顶级的途径。


用法----------Usage----------


rankPathways(res.A, res.B, G, tab, phenotype, gsList, ngroups,
             methodNames = NULL, npath = 25, allpathways = FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：res.A
a list from the output of calculate.NTk or calculate.NEk
从的calculate.NTk或calculate.NEk的输出列表


参数：res.B
a list from the output of calculate.NTk or calculate.NEk
从的calculate.NTk或calculate.NEk的输出列表


参数：G
a list containing the source, title, and probe sets associated with each curated pathway
列表包含源代码，标题和探针集相关联的每个策划途径


参数：tab
a numeric matrix of expression values, with the rows and columns representing probe sets and sample arrays, respectively
数字矩阵表达式的值，代表探针台和样品阵列的行和列，分别为


参数：phenotype
a numeric (or character if ngroups >= 2) vector indicating the phenotype
一个数字（或字符，如果ngroups> = 2）向量表示的表型


参数：gsList
a list containing three vectors from the output of the selectGeneSets function
一个列表，其中包含三个向量从selectGeneSets函数的输出，


参数：ngroups
an integer indicating the number of groups in the matrix
一个整数，指示组在矩阵


参数：methodNames
a character vector of length 2 giving the names for res.A and res.B
一个长度为2的特征向量的名字res.A和res.B


参数：npath
an integer indicating the number of top gene sets to consider from each statistic when ranking the top pathways
顶级基因数目的整数，指示将考虑每个统计居顶端途径时


参数：allpathways
a boolean to indicate whether to include the top npath pathways from each statistic or just consider the top npath pathways (sorted by the sum of ranks of both statistics) when generating the summary table
一个布尔值，指示是否包括顶端npath每个统计的途径，或生成汇总表时，只考虑顶端npath途径（由两个统计队伍的总和排序）


Details

详情----------Details----------

This function ranks together the statistics given in res.A and res.B and summarizes the top gene sets in a tabular format similar to Table 2 in Tian et al. (2005)
此功能居一起res.A和res.B统计和总结在表格格式的顶级基因类似田等表2套。 （2005年）


值----------Value----------

A data frame showing the pathways' indices in G, gene set category, pathway title, set size, res.A's statistics, res.B's statistics, the corresponding q-values, and the ranks for the top gene sets.
一帧数据显示统计，G的统计，相应的Q值，途径res.A，基因组类别，通路称号，集大小，res.B指数行列顶端基因组。


注意----------Note----------

See the help page for calculate.NTk or calculate.NEk
见calculate.NTk或calculate.NEk帮助页面


作者（S）----------Author(s)----------


Lu Tian, Peter Park, and Weil Lai



参考文献----------References----------

P.J. (2005)  Discovering statistically significant pathways in expression profiling studies.  Proceedings of the National Academy of Sciences of the USA, 102, 13544-9.

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。