R语言 sigPathway包 importGeneSets()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

importGeneSets(sigPathway)
importGeneSets()所属R语言包：sigPathway

                                        Import gene sets stored in GMT, GMX, GRP, and XML file formats
                                         格林尼治时间型车，玻璃钢，XML文件格式存储在导入基因组

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Imports gene sets stored in GMT, GMX, GRP, and XML file formats and converts them to sigPathway's preferred format.
进口基因的设置存储在格林尼治时间型车，玻璃钢，XML文件格式，并将其转换sigPathway的首选格式。


用法----------Usage----------


importGeneSets(fileNames, verbose = TRUE)
gmtToG(fileNames, verbose = TRUE)
gmxToG(fileNames, verbose = TRUE)
grpToG(fileNames, verbose = TRUE)
xmlToG(fileNames, verbose = TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：fileNames
a character vector specifying the file(s) containing the gene sets of interest
字符指定的文件（S），含有基因的向量设置利益


参数：verbose
a boolean to indicate whether to print debugging messages to the R console
一个布尔值，指示是否打印调试消息的R控制台


Details

详情----------Details----------

These functions read in gene sets stored in GMT, GMX, GRP, and XML file formats and converts them to a list format that sigPathway can use.  Redundant gene IDs in each gene set are removed during conversion.  The importGeneSets function can read in GMT, GMX, GRP, and XML files in one pass.  The gmtToG, gmxToG, grpToG, and xmlToG functions are specific to reading in their respective file formats.
阅读这些基因的功能设置存储在格林尼治时间型车，玻璃钢，XML文件格式，他们列表格式，sigPathway可以使用的转换。在转换过程中删除多余的基因组中每个基因标识。 importGeneSets函数可以读取在格林尼治时间型车，玻璃钢，XML文件，在一通。 gmtToG，gmxToG，grpToG，xmlToG职能具体到各自的文件格式阅读。


值----------Value----------

A list containing sublists representing each imported gene set.  The vignette contains more details about the list structure.
代表每个导入的基因组包含子列表的列表。的暗角包含有关列表结构的更多细节。


注意----------Note----------

These functions do not check whether the files are in the correct format and will give spurious output when given files in the wrong format.  The xmlToG function requires the XML package, which is available on CRAN.  The xmlToG function also requires XML files to be formatted based on the MSigDB Document Type Definition.
这些函数不检查文件是否在正确的格式和杂散输出时，在错误的格式的文件。 xmlToG函数需要XML包，这是在CRAN。 xmlToG函数也需要基于的MSigDB文件类型定义被格式化XML文件。


作者（S）----------Author(s)----------


Weil Lai



参考文献----------References----------


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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。