R语言 sigPathway包 getPathwayStatistics.NGSk()函数中文帮助文档(中英文对照)

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getPathwayStatistics.NGSk(sigPathway)
getPathwayStatistics.NGSk()所属R语言包：sigPathway

                                        Give the statistics for the probe sets in a pathway
                                         给探针的统计信息的途径设置

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Gives the statistics for the probe sets associated with a pathway.
给出了一个途径，相关的探针设置的统计信息。


用法----------Usage----------


getPathwayStatistics.NGSk(statV, probeID, G, index,
                          keepUnknownProbes = FALSE, annotpkg = NULL)



参数----------Arguments----------

参数：statV
a numeric vector of test statistic (not p-values) for each individual probe/gene
检验统计量（p值）的数字为每个探针/基因向量


参数：probeID
a character vector containing the names of probe sets associated with a matrix of expression values
探针组与矩阵表达式的值关联的名称字符向量


参数：G
a list containing the source, title, and probe sets associated with each curated pathway
列表包含源代码，标题和探针集相关联的每个策划途径


参数：index
an integer vector specifying the pathway(s) to summarize in G
一个整数向量指定通路（S）总结G的


参数：keepUnknownProbes
a boolean indicating whether to keep the names of probe sets not represented in tab in the summary data frame
一个布尔值，指示是否保持探针的名字集并不代表选项卡中的汇总数据框


参数：annotpkg
a character vector specifying the name of the BioConductor annotation package to use to fetch accession numbers, Entrez Gene IDs, gene name, and gene symbols
指定的BioConductor注释包的名称，使用获取加入号码，Entrez基因标识，基因名称，基因符号字符向量


Details

详情----------Details----------

This function gives the test statistic for each probe in the pathway as indicated in G[[index]].
此功能提供在通路的检验统计量在G[[index]]每个探针。


值----------Value----------

A list containing data frames (1 per pathway) with the probes' name and the corresponding test statistic.
一个列表，其中包含与探针的名称和相应的测试统计数据框（1）每通路。

If a valid annotpkg is specified, the probes' accession numbers, Entrez Gene IDs, gene name, and gene symbols are also returned.  This option only works if the probes in the gene set list G are manufacturer IDs corresponding to those used in making the BioConductor annotation package.
如果一个有效的annotpkg指定的探针加入号码，Entrez基因标识，基因名称，基因符号也回来了。此选项只有当探针在基因组“列表中的G制造商标识相应使BioConductor注解包所用的。


注意----------Note----------

See the help page for calculate.NGSk for example code that
calculate.NGSk例如代码，请参阅帮助页面


作者（S）----------Author(s)----------


Weil Lai

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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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