R语言 siggenes包 sam.plot2()函数中文帮助文档(中英文对照)

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sam.plot2(siggenes)
sam.plot2()所属R语言包：siggenes

                                        SAM Plot
                                         SAM的图

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Generates a SAM plot for a specified value of Delta.
Delta为指定的值产生一个SAM图。


用法----------Usage----------


  sam.plot2(object, delta, pos.stats = NULL, sig.col = 3, xlim = NULL,
        ylim = NULL, main = NULL, xlab = NULL, ylab = NULL, pty = "s",
        lab = c(10, 10, 7), pch = NULL, sig.cex = 1, ...)



参数----------Arguments----------

参数：object
an object of class SAM.
对象类SAM。


参数：delta
a numeric value specifying the value of Delta for which the SAM plot should be generated.
一个数值指定DeltaSAM的图，应产生的价值。


参数：pos.stats
an integer between 0 and 2. If pos.stats = 1, general information as the number of significant genes and the estimated FDR for the specified value of delta will be plotted in the upper left corner of the plot. If pos.stats = 2, these information will be plotted in the lower right corner. If pos.stats = 0, no information will be plotted. By default, pos.stats = 1 if the expression score d can be both  positive and negative, and pos.stats = 2 if d can only take positive values.
0和2之间的整数。如果pos.stats = 1“的若干重要基因，并为指定的值delta将绘制在左上角的图估计FDR的一般信息。如果pos.stats = 2，这些信息将被绘制在右下角。如果pos.stats = 0，没有信息将被绘制。默认情况下，pos.stats = 1如果表达得分d可以正面和负面的，pos.stats = 2如果d只能采取正面的价值观。


参数：sig.col
a specification of the color of the significant genes. If sig.col has length 1, all the points corresponding to significant genes are marked in the color specified by sig.col. If length(sig.col) == 2, the down-regulated genes, i.e. the genes with negative expression score d, are marked in the color specified by sig.col[1], and the up-regulated genes, i.e. the genes with positive d, are marked in the color specified by sig.col[2].  For a description of how colors are specified, see par.
的重要基因的颜色规范。如果sig.col长度为1，所有点对应显着的基因标记在sig.col指定的颜色。如果length(sig.col) == 2，下调的基因，即基因与表达阴性得分d，在sig.col[1]，在上调基因中指定的颜色标记，即积极d，基因标记在sig.col[2]中指定的颜色。对于如何指定颜色的描述，请参阅par。


参数：xlim
a numeric vector of length 2 specifying the x limits (minimum and maximum) of the plot.
数值向量的长度为2指定的X限制（最小和最大）的图。


参数：ylim
a numeric vector of length 2 specifying the y limits of the plot.
数字矢量长度为2指定的y限额的图。


参数：main
a character string naming the main title of the plot.
一个字符串，命名图的主标题。


参数：xlab
a character string naming the label of the x axis.
一个字符串，命名为X轴的标签。


参数：ylab
a character string naming the label of the y axis.
一个字符串，命名为y轴的标签。


参数：pty
a character specifying the type of plot region to be used. "s" (default) generates a square plotting region, and "m" the maximal plotting region.
图区域指定要使用的字符。 "s"（默认）生成一个方形的绘图区域，"m"最大的绘图区域。


参数：lab
a numeric vector of length 3 specifying the approximate number of tickmarks on the x axis and on the y axis and the label size.
一个长度为3的数字向量指定tickmarks上的X轴和Y轴和标签的大小近似数。


参数：pch
either an integer specifying a symbol or a single character to be used as the default in plotting points. For a description of how pch can be specified, see par.
一个整数，指定一个符号或单个字符被用来作为策划点的默认。对于如何pch可以指定的说明，请参阅par。


参数：sig.cex
a numerical value giving the amount by which the symbols of the significant genes should be scaled relative to the default.
一个数值，使其中的重要基因符号应调整相对于默认的金额。


参数：...
further graphical parameters. See plot.default and  par.
进一步的图形参数。看到plot.default和par。


值----------Value----------

A SAM plot.
山姆的图。


作者（S）----------Author(s)----------


Holger Schwender, <a href="mailto:holger.schw@gmx.de">holger.schw@gmx.de</a>



参考文献----------References----------

applied to the ionizing radiation response. PNAS, 98, 5116-5121.

参见----------See Also----------

SAM-class,sam,md.plot
SAM-class，sam，md.plot


举例----------Examples----------


  # Load the package multtest and the data of Golub et al. (1999)[加载的的包multtest和Golub等数据。 （1999）]
  # contained in multtest.[载在multtest。]
  library(multtest)
  data(golub)
  
  # Perform a SAM analysis for the two class unpaired case assuming[执行两个类未成的假设情况下的SAM分析]
  # unequal variances.[异方差。]
  sam.out <- sam(golub, golub.cl, B=100, rand=123)
  
  # Generate a SAM plot for Delta = 2[产生一个SAMDelta= 2图]
  sam.plot2(sam.out, 2)
  
  # Alternatively way of generating the same SAM plot[另外的方式产生相同的SAM图]
  plot(sam.out, 2)
  
  # As an alternative, the MD plot can be generated.[作为一种替代方法，可以生成的MD图。]
  md.plot(sam.out, 2)
  


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