R语言 siggenes包 fudge2()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

fudge2(siggenes)
fudge2()所属R语言包：siggenes

                                        Fudge Factor
                                         蒙混因素

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Computes the fudge factor as described by Tusher et al. (2001).
计算蒙混因素由Tusher等。 （2001年）。


用法----------Usage----------


  fudge2(r, s, alpha = seq(0, 1, 0.05), include.zero = TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：r
a numeric vector. The numerator of the test statistic computed for each gene is represented by one component of this vector.
数字向量。测试统计计算每个基因的分子表示此向量的一个组成部分。


参数：s
a numeric vector. Each component of this vector corresponds to the denominator of the test statistic of a gene.
数字向量。此向量的每个组件对应一个基因测试统计的分母。


参数：alpha
a numeric value or vector specifying quantiles of the s values. If alpha is numeric, this quantile of s will be used as fudge factor. Otherwise, the alpha quantile of the s values is computed that is optimal following the criterion of Tusher et al.\ (2001).
数值或指定位数的s值的向量。如果alpha的是数字，这个s位数将被用作软糖因素。否则，alphas值位数计算，是最佳的Tusher等标准。\（2001年）。


参数：include.zero
if TRUE, s0=0 is also a possible choice for the fudge factor.
如果TRUE，s0=0蒙混因素也是一个可能的选择。


值----------Value----------


参数：s.zero
the value of the fudge factor s0.
蒙混因素s0值。


参数：alpha.hat
the optimal quantile of the s values. If  s0=0, alpha.hat will not be returned.
最佳s值位数。如果s0=0，alpha.hat不会被退回。


参数：vec.cv
the vector of the coefficients of variations.  Following Tusher et al. (2001), the optimal alpha quantile  is given by the quantile that leads to the smallest CV of the modified test statistics.
变异系数向量。继Tusher等。 （2001年），最佳alpha位数位数，最小的简历修改测试统计。


参数：msg
a character string summarizing the most important  information about the fudge factor.
字符串总结蒙混因素最重要的信息。


作者（S）----------Author(s)----------


Holger Schwender, <a href="mailto:holger.schw@gmx.de">holger.schw@gmx.de</a>



参考文献----------References----------

Microarrays Applied to the Ionizing Radiation Response. PNAS, 98, 5116-5121.

参见----------See Also----------

SAM-class,sam
SAM-class，sam

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