R语言 ShortRead包 spViewPerFeature()函数中文帮助文档(中英文对照)

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spViewPerFeature(ShortRead)
spViewPerFeature()所属R语言包：ShortRead

                                         Tools to visualize genomic data
                                         基因组数据的可视化的工具

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Use Snapshot-class to visulatize a specific region of genomic data
使用Snapshot类visulatize特定区域的基因组数据


用法----------Usage----------


spViewPerFeature(GRL, name, files, ignore.strand=FALSE,
                 multi.levels = FALSE, fac=character(0L), ...)



参数----------Arguments----------

参数：GRL
Object GRangeList containing annotation of genomic data. It can be generated by applying  exonsBy() or transcriptsBy() to a TranscriptDb instance. See examples below.
对象GRangeList包含注释的基因组数据。它可以通过应用生成的exonsBy()或transcriptsBy()TranscriptDb实例。见下面的例子。


参数：name
Character(1) specifying which element in GRL to be visualized.  
字符（1）指定哪个元素在GRL可视化。


参数：files
Charactor() or BamFileList specifying the file(s) to be visuliazed. If multiple files, local metadata of the files can be hold by setting a DataFrame (values(files) <- DataFrame(...)). See examples below.  
人物造型（）或BamFileList指定文件（S）被visuliazed的。如果多个文件，可以是本地文件的元数据保持设置DataFrame（值（文件）< -  DataFrame（...））。见下面的例子。


参数：ignore.strand
Logical(1) indicating whether to ignore the strand of the genomic data.  
逻辑（1）指示是否忽略了基因组数据链。


参数：multi.levels
Logical(1) inidicating whether to plot the coverage of  multiple files on different panels. If FALSE, the mean coverage of multiple files would be plotted.  
逻辑（1）inidicating是否不同的面板上绘制多个文件的覆盖面。如果FALSE，平均覆盖率将绘制多个文件。


参数：fac
Character(1) indicating which column of local metadata (elementMetatdata()) should be used to group the samples. Ignore
字符（1）表示，应使用本地元数据列（elementMetatdata()）组样品。忽略


参数：...
Arguments used for createing a Snapshot object.
参数使用为createingSnapshot对象。


值----------Value----------

A Snapshot instance
一个Snapshot实例


作者（S）----------Author(s)----------


Chao-Jen Wong <a href="mailto:cwon2@fhcrc.org">cwon2@fhcrc.org</a>



参见----------See Also----------

Snapshot
Snapshot


举例----------Examples----------


## Example 1[＃示例1]
library(GenomicFeatures)
txdbFile <- system.file("extdata", "sacCer2_sgdGene.sqlite",
                         package="yeastNagalakshmi")

## either use a txdb file quaried from UCSC or use existing TxDb packages.[＃要么使用txdb文件，从加州大学圣克鲁兹分校quaried，或使用现有TxDb的包。]
txdb <- loadFeatures(txdbFile)

grl <- exonsBy(txdb, by="gene")
file <- system.file("extdata", "SRR002051.chrI-V.bam",
                         package="yeastNagalakshmi")
s <- spViewPerFeature(GRL=grl, name="YAL001C", files=file)

## Example 2[＃示例2]
## multi-files: using 'BamFileList' and setting up the 'DataFrame'[多文件：使用BamFileList“和设立”DataFrame“]
## holding the phenotype data[＃持有型数据]

bfiles <- BamFileList(c(file, file))
values(bfiles) <- DataFrame(sampleGroup=factor(c("normal", "tumor")))
values(bfiles)

s <- spViewPerFeature(GRL=grl, name="YAL001C",
                      files=bfiles, multi.levels=TRUE, fac="sampleGroup")


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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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