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R语言 ShortRead包 SolexaIntensity()函数中文帮助文档(中英文对照)

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发表于 2012-2-26 14:08:40 | 显示全部楼层 |阅读模式
SolexaIntensity(ShortRead)
SolexaIntensity()所属R语言包:ShortRead

                                        Construct objects of class "SolexaIntensity" and "SolexaIntensityInfo"
                                         构造对象的类的“SolexaIntensity”和“SolexaIntensityInfo”

                                         译者:生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

These function constructs objects of SolexaIntensity and SolexaIntensityInfo. It will often be more convenient to create these objects using parsers such as readIntensities.
这些功能构造SolexaIntensity和SolexaIntensityInfo的对象。它往往会更方便使用,如readIntensities解析器来创建这些对象。


用法----------Usage----------


SolexaIntensity(intensity=array(0, c(0, 0, 0)),
                measurementError=array(0, c(0, 0, 0)),
                readInfo=SolexaIntensityInfo(
                  lane=integer(nrow(intensity))),
                ...)
SolexaIntensityInfo(lane=integer(0),
                    tile=integer(0)[seq_along(lane)],
                    x=integer(0)[seq_along(lane)],
                    y=integer(0)[seq_along(lane)])



参数----------Arguments----------

参数:intensity
A matrix of image intensity values. Successive columns correspond to nucleotides A, C, G, T; four successive columns correspond to each cycle. Typically, derived from "_int.txt" files.
图像亮度值的矩阵。连续列对应的核苷酸的一个,C,G,T,连续四次列对应每个周期。通常情况下,派生从"_int.txt"文件。


参数:measurementError
As intensity, but measuring standard error. Usually derived from "_nse.txt" files.
intensity,但测量的标准误差。通常来自"_nse.txt"文件。


参数:readInfo
An object of class AnnotatedDataFrame, containing information described by SolexaIntensityInfo.
一个类的对象AnnotatedDataFrame,包含SolexaIntensityInfo描述的信息。


参数:lane
An integer vector giving the lane from which each read is derived.
一个整数向量给每个读派生车道。


参数:tile
An integer vector giving the tile from which each read is derived.
一个整数向量给每个读派生的瓷砖。


参数:x
An integer vector giving the tile-local x coordinate of the read from which each read is derived.
从中派生每个读只读整数向量,使瓷砖的本地X坐标。


参数:y
An integer vector giving the tile-local y coordinate of the read from which each read is derived.
瓷砖本地y坐标,从中派生每个读只读的整数向量。


参数:...
Additional arguments, not currently used.
额外的参数,而不是目前使用的。


值----------Value----------

An object of class SolexaIntensity, or SolexaIntensityInfo.
一个对象的类SolexaIntensity或SolexaIntensityInfo。


作者(S)----------Author(s)----------


Martin Morgan <mtmorgan@fhcrc.org>



参见----------See Also----------

SolexaIntensity.
SolexaIntensity。

转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。


注:
注1:为了方便大家学习,本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成,仅供个人R语言学习参考使用,生物统计家园保留版权。
注2:由于是机器人自动翻译,难免有不准确之处,使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解,可以帮助R语言的学习。
注3:如遇到不准确之处,请在本贴的后面进行回帖,我们会逐渐进行修订。
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