R语言 ShortRead包 readPrb()函数中文帮助文档(中英文对照)

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readPrb(ShortRead)
readPrb()所属R语言包：ShortRead

                                        Read Solexa prb files as fastq-style quality scores
                                         公司Solexa PRB文件阅读作为fastq式的质量分数

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

readPrb reads all _prb.txt files in a directory into a single object. Most methods (see details) do this by identifying the maximum base call quality for each cycle and read, and representing this as an ASCII-encoded character string.
readPrb读取所有_prb.txt到一个对象中的一个目录中的文件。大多数方法（见详情）确定每个周期的最大碱基的通话质量和读取，并表示此作为一个ASCII编码的字符串。


用法----------Usage----------


readPrb(dirPath, pattern = character(0), ...)



参数----------Arguments----------

参数：dirPath
Directory path or other object (e.g., SolexaPath for which methods are defined.
目录路径或其他对象（例如，SolexaPath方法被定义。


参数：pattern
Regular expression matching names of _prb files to be summarized.
正则表达式匹配_prb文件的名称来概括。


参数：...
Additional arguments, e.g., to srapply, used during evaluation.
额外的参数，例如，到srapply，在评估过程中使用。


Details

详情----------Details----------

The readPrb,character-method contains an argument as that determines the value of the returned object, as follows.
readPrb,character-method包含一个参数as决定返回的对象的值，如下。

The ASCII encoding of the maximum per cycle and read quality score is encoded using Solexa conventions.
每个周期的最大的ASCII编码和读取的质量得分进行编码使用公司Solexa公约。

The ASCII encoding of the maximum per cycle and read quality score is encoded using Fastq conventions, i.e., ! has value 0.
每个周期的最大的ASCII编码和读取的质量得分进行编码使用Fastq公约，即!值0。

The maximum per cycle and read quality score is returned as a in integer value. Values are collated into a matrix with number of rows equal to number of reads, and number of columns equal to number of cycles.
每个周期的最高和质量得分读返回整数值。值整理成一个矩阵读取数，周期数等于列数相等的行数。

The quality scores are not summarized; the return value is an integer array with dimensions corresponding to reads, nucleotides, and cycles.
不总结的质量分数;返回值是一个整数数组尺寸相应的读取，核苷酸，周期。


值----------Value----------

An object of class QualityScore, or an integer matrix.
一个对象类QualityScore，或一个整数矩阵。


作者（S）----------Author(s)----------


Martin Morgan <mtmorgan@fhcrc.org>



举例----------Examples----------


fl <- system.file("extdata", package="ShortRead")
sp <- SolexaPath(fl)
readPrb(sp, "s_1.*_prb.txt") # all tiles to a single file[单个文件的瓷砖]

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