R语言 ShortRead包 readBaseQuality()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

readBaseQuality(ShortRead)
readBaseQuality()所属R语言包：ShortRead

                                        Read short reads and their quality scores into R representations
                                         阅读短读取和成R表示其质量分数

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

readBaseQuality reads all base call files in a directory dirPath whose file name matches seqPattern and all quality score files whose name matches prbPattern, returning a compact internal representation of the sequences, and quality scores in the files. Methods read all files into a single R object.
readBaseQuality读取目录dirPath的文件名匹配的所有基本通话文件seqPattern“质量得分文件的名称相匹配prbPattern，返回一个紧凑的内部表示序列，文件中的质量分数。方法读入一个单一的R对象的所有文件。


用法----------Usage----------



readBaseQuality(dirPath, ...)
## S4 method for signature 'character'
readBaseQuality(dirPath, seqPattern=character(0),
prbPattern=character(0), type=c("Solexa"), ...)




参数----------Arguments----------

参数：dirPath
A character vector (or other object; see methods defined on this generic) giving the directory path (relative or absolute) of files to be input.
文件输入目录路径（相对或绝对）的特征向量（或其他对象;看到这个通用定义的方法）。


参数：seqPattern
The (grep-style) pattern describing base call file names to be read. The default (character(0)) results in (attempted) input of all files in the directory.
（grep式）模式描述碱基调用的文件名读取。默认（character(0)）（未遂）输入目录中的所有文件中的结果。


参数：prbPattern
The (grep-style) pattern describing quality score file names to be read. The default (character(0)) results in (attempted) input of all files in the directory.
（grep式）模式描述的质量得分要读取的文件名。默认（character(0)）（未遂）输入目录中的所有文件中的结果。


参数：type
The type of file to be parsed. Supported types include: Solexa: parse reads and their qualities from _seq.txt and _prb.txt-formatted files, respectively.
要解析的文件类型。支持的类型包括：Solexa：解析读取和素质_seq.txt_prb.txt格式的文件，，分别为。


参数：...
Additional arguments, perhaps used by methods.
额外的参数，也许使用的方法。


值----------Value----------

A single R object (e.g., ShortReadQ) containing sequences and qualities of all files in dirPath matching seqPattern and prbPattern respectively. There is no guarantee of order in which files are read.
一个单一的R对象（例如，ShortReadQ）dirPath匹配seqPattern和prbPattern分别含有的所有文件的序列和素质。有没有为了保证文件是只读的。


作者（S）----------Author(s)----------



Patrick Aboyoun <paboyoun@fhcrc.org>




参见----------See Also----------

A ShortReadQ object.
一个ShortReadQ对象。

readXStringColumns, readPrb
readXStringColumns，readPrb


举例----------Examples----------


sp <- SolexaPath(system.file("extdata", package="ShortRead"))
readBaseQuality(sp, seqPattern="s_1.*_seq.txt", prbPattern="s_1.*_prb.txt")

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