plotGenome(segmentSeq)
plotGenome()所属R语言包：segmentSeq
Plots the alignment of sequence tags on the genome given an ‘aligmentData’ object and (optionally) a set of segments found.
图“aligmentData对象（可选）发现段的基因组序列标签对齐。
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Plots the data from an alignmentData object for a given set of samples. Can optionally include in the plot the annotation data from a lociData object containing segment information.
图为给定的样本数据，从alignmentData对象。可以选择包括在图从lociData对象，其中包含部分信息的注释数据。
用法----------Usage----------
plotGenome(aD, locData, chr = 1, limits = c(0, 1e4), samples = NULL,
plotType = "pileup", plotDuplicated = FALSE, density = 0, showNumber =
TRUE, logScale = FALSE, cap = Inf, ...)
参数----------Arguments----------
参数：aD
An alignmentData object.
alignmentData对象。
参数：locData
A lociData object (produced by the heuristicSeg or classifySeg function and therefore) containing appropriate annotation information. Can be omitted if this annotation is not known/required.
一个lociData对象（heuristicSeg或classifySeg函数，因此产生的），包含相应的注释信息。不知道/如果这个注解可以省略。
参数：chr
The name of the chromosome to be plotted. Should correspond to a chromosome name in the alignmentData object.
染色体的名称要绘制。应该对应一个染色体在alignmentData对象名称。
参数：limits
The start and end point of the region to be plotted.
该区域的起点和终点绘制。
参数：samples
The sample numbers of the samples to be plotted. If NULL, plots all samples.
样本的样本数要绘制。如果为NULL，所有样品图。
参数：plotType
The manner in which the plot is created. Currently only plotType = pileup is recommended.
在其中创建该图的方式。目前只有plotType = pileup建议。
参数：plotDuplicated
If TRUE, then any duplicated sequence tags (i.e., sequence tags that match to multiple places in the genome) in the "aD" object will be plotted on a negative scale for each sample. Defaults to FALSE (recommended).
如果TRUE，那么任何重复序列标签（即基因组中的多个地方匹配的序列标签）在“广告”对象将绘制在每个样品负的规模。默认为FALSE（推荐）。
参数：density
The density of the shading lines to be used in plotting each segment.
阴影线的密度，以用于绘制各分部。
参数：showNumber
Should the row number of each segment be shown?
各段的显示行数吗？
参数：logScale
Should a log scale be used for the number of sequence tags found at each base?
log的规模应该被用于在每个碱基的序列标签的数量？
参数：cap
A numeric value defining a cap on the maximum number of reads to be plotted at any one point. Useful if a large number of reads at one location prevent a clear signal being seen elsewhere.
读取在任何一个点绘制的数值定义的最大数量的上限。有用的，如果在一个位置的读取大量防止被其他地方看到一个明确的信号。
参数：...
Any additional graphical parameters for passing to plot.
任何额外的图形参数传递给plot。
值----------Value----------
Plotting function.
绘图功能。
作者（S）----------Author(s)----------
Thomas J. Hardcastle
参见----------See Also----------
alignmentData, heuristicSeg, classifySeg
alignmentData，heuristicSeg，classifySeg
举例----------Examples----------
# Define the chromosome lengths for the genome of interest.[定义感兴趣的基因组染色体长度。]
chrlens <- c(2e6, 1e6)
# Define the files containing sample information.[定义文件包含样本信息。]
datadir <- system.file("extdata", package = "segmentSeq")
libfiles <- c("SL9.txt", "SL10.txt", "SL26.txt", "SL32.txt")
# Establish the library names and replicate structure.[建立图书馆的名称和复制结构。]
libnames <- c("SL9", "SL10", "SL26", "SL32")
replicates <- c(1,1,2,2)
# Process the files to produce an `alignmentData' object.[处理文件，以生产alignmentData“对象。]
alignData <- readGeneric(file = libfiles, dir = datadir, replicates =
replicates, libnames = libnames, chrs = c(">Chr1", ">Chr2"), chrlens =
chrlens, gap = 100)
# Plot the alignments to the genome on chromosome 1 between bases 1 and 10000[碱基1和10000之间的1号染色体上的基因组绘制的路线]
plotGenome(alignData, chr = ">Chr1", limits = c(1, 1e5))
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注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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发表于 2012-2-26 14:00:27
