samrocN(SAGx)
samrocN()所属R语言包：SAGx
Calculate ROC curve based SAM statistic
计算ROC曲线为基础的SAM统计
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Calculation of the regularised t-statistic which minimises
正规化的t-统计，最大限度地减少计算
用法----------Usage----------
参数----------Arguments----------
参数：data
The data matrix, or ExpressionSet
数据矩阵，或ExpressionSet的
参数：formula
a linear model formula
线性模型公式
参数：contrast
the contrast to be estimnated
要estimnated对比
参数：N
the size of top lists under consideration
正在审议的顶级列表的大小
参数：B
the number of bootstrap iterations
引导迭代的数量
参数：perc
the largest eligible percentile of SE to be used as fudge factor
SE可用于软糖因素最大的资格百分
参数：smooth
if TRUE, the std will be estimated as a smooth function of expression level
如果为TRUE，将在std估计为光滑函数的表达水平
参数：w
the relative weight of false positives
误报的相对权重
参数：measure
the goodness criterion
善良的准则
参数：p0
the proportion unchanged probesets; if NULL p0 will be estimated
比例不变probesets的;如果将估计空P0
参数：probeset
probeset ids;if NULL then "probeset 1", "probeset 2", ... are used.
probeset IDS;如果为NULL，然后“probeset 1”，“probeset 2”，......被使用。
Details
详情----------Details----------
The test statistic is based on the one in Tusher et al (2001):
测试的统计数字是根据在Tusher等（2001）之一：
where diff is a the estimate of a constrast, s_0 is the regularizing constant and s the standard error. At the heart of the method lies an estimate of the false negative and false positive rates. The test is calibrated so that these are minimised. For calculation of p-values a bootstrap procedure is invoked. Further details are given in Broberg (2003). Note that the definition of p-values follows that in Davison and Hinkley (1997), in order to avoid p-values that equal zero.
其中diff是一个一个constrast的估计，s_0是不断的规范和s标准的错误。在该方法的核心在于估计的假阴性和假阳性率。测试校准，使这些被最小化。为计算p值调用自举程序。在布罗贝里（2003）给出进一步的细节。请注意，p值的定义如下，戴维森和欣克利（1997），以避免P-值等于零。
The p-values are calculated through permuting the residuals obtained from the null model, assuming that this corresponds to the full model except for the parameter being tested, coresponding to the contrast coefficient not equal to zero. This means that factors not tested are kept fixed. NB This may be adequate for testing a factor with two levels or a regression coefficient (correlation), but it is not adequate for all linear models.
通过置换获得从空模型残差的P-值计算，假设，这相当于除了正在测试参数模型，coresponding对比系数不等于零。这意味着，没有测试的因素保持固定。注：这可能是足够的测试与两个层次或回归系数（相关）的一个因素，但它是没有足够的所有线性模型。
值----------Value----------
An object of class samroc.result.
一个类samroc.result对象。
作者（S）----------Author(s)----------
Per Broberg
参考文献----------References----------
the ionizing radiation response. PNAS Vol. 98, no.9, pp. 5116-5121
http://genomebiology.com/2003/4/6/R41
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发表于 2012-2-26 13:49:30
