getCmatrix(safe)
getCmatrix()所属R语言包：safe
Generation of a C matrix
一个C矩阵的生成
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
This function will convert a list, vector or file of gene annotation into a C matrix. Size constraints, and present/absent calls can be set to filter categories and genes accordingly.
此功能将其转换成一个C矩阵列表，或文件向量的基因注释。大小的限制，并出席/缺席的检测可以设置过滤器类别和相应的基因。
用法----------Usage----------
getCmatrix(keyword.list = NULL, gene.list = NULL, vector = NULL, file = NULL,
delimiter = ",", present.genes = NULL, GO.ont = NULL, min.size = 0,
max.size = Inf, as.matrix = FALSE, ...)
用法----------Usage----------
getCmatrix(keyword.list, present.genes=, GO.ont=)
getCmatrix(gene.list, present.genes=, min.size=, max.size=)
getCmatrix(vector=, delimiter=, as.matrix=)
getCmatrix(file=, delimiter=, ...)
参数----------Arguments----------
参数：keyword.list
A list containing character vectors for each keyword that specify the gene members.
一个列表，其中包含为每个关键字指定的基因成员的特征向量。
参数：gene.list
A list containing character vectors for each gene that specify the functional categories it belongs to.
它属于一个列表，其中包含指定功能类别，每个基因特征向量。
参数：vector
A character vector of gene annotation with a specified delimiter between category keywords.
类别关键字之间用指定分隔符的注释基因的一个特征向量。
参数：file
A file containing the character vector of gene annotation.
文件包含的基因注释的特征向量。
参数：delimiter
Delimiter used between category keywords when provided as a vector or file.
类别关键字之间的分隔符时，作为向量或文件的规定。
参数：present.genes
An optional vector used to filter genes in the C matrix. Can be provided as an unordered character vector of gene names that match names(list), or as an ordered vector of presence (1) and absence (0) calls.
一个可选的向量用于基因筛选在C矩阵。可提供基因名称匹配names(list)，或作为在场的有序向量（1）和缺乏（0）调用的，无序的特征向量。
参数：GO.ont
"CC","BP",or "MF" specify the ontology to limit categories to.
“抄送”，“BP”，或“MF”指定限制类别的本体。
参数：min.size
Optional minimum category size to be considered.
可选的最低类别的大小要考虑的。
参数：max.size
Optional maximum category size to be considered.
可选的最大的品类规模加以考虑。
参数：as.matrix
Optional argument to specify a matrix is returned rather than a matrix.csr.
可选的参数指定一个矩阵返回而非matrix.csr。
参数：...
Any extra arguments will be forwarded to the read.table function when category assignments are given as a file.
任何额外的参数将被转发到read.table函数时文件类别分配。
值----------Value----------
参数：C.mat.csr
If as.matrix=F a sparse matrix is returned with the rows corresponding to the genes and columns are categories
如果as.matrix=F稀疏矩阵的行对应的基因和列返回类别
参数：row.names
Character vector of gene names
基因名称的特征向量
参数：col.names
Character vector of category names
特征向量的类别名称
作者（S）----------Author(s)----------
William T. Barry: <a href="mailto:bill.barry@duke.edu">bill.barry@duke.edu</a>
参考文献----------References----------
of functional categories in gene expression studies: a structured permutation approach, Bioinformatics 21(9) 1943-9.
<h3>See Also</h3> <code>safe</code>, <code>safeplot</code>,
举例----------Examples----------
## A simple illustration[＃一个简单的例子]
anno <- c("Keyword1","Keyword2;Keyword3","",
"Keyword3;Keyword1","Keyword3")
names(anno) <- paste("Gene",1:5)
getCmatrix(vector = anno, delimiter = ";",
as.matrix=TRUE)
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发表于 2012-2-26 13:44:59
