R语言 safe包 gene.results()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

gene.results(safe)
gene.results()所属R语言包：safe

                                         Gene-specific results from SAFE
                                         从安全基因具体成果

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Prints gene-specific local statistics and resampling-based p-values for every probeset in the gene category of interest.  Probesets are ordered by the degree and direction of differential expression.
打印特定基因当地统计和重采样为基础的p值，为每一个感兴趣的基因类别probeset。 probesets下令差异表达的程度和方向。


用法----------Usage----------


gene.results(object = NULL, cat.name = NULL, error = "none", print.it = TRUE)



参数----------Arguments----------

参数：object
Object of class SAFE.  
对象类SAFE。


参数：cat.name
Name of the category to be plotted. If omitted, the most significant category is plotted.  
要绘制的类别名称。如果省略，绘制最显着的类别。


参数：error
Specifies a non-resampling based method for adjusting the empirical p-values.  A Bonferroni, ("FWER.Bonf"), Holm's step-up ("FWER.Holm"), and Benjamini-Hochberg step down ("FDR.BH") adjustment can be selected. By default ("none") no error rates are computed.  
指定一个非基于重采样的方法，经验的P-值调整。一个邦弗朗尼，（“FWER.Bonf”），霍尔姆的步升（的“FWER.Holm”），和Benjamini-Hochberg下台（“FDR.BH”）的调整可以被选中。 （“无”）默认情况下，没有错误率计算。


参数：print.it
Logical determining whether results are printed to screen or returned as a list of results for up- and down-regulated genes.  
逻辑判断结果是否打印到屏幕或返回和下调基因作为一个结果列表。


作者（S）----------Author(s)----------


William T. Barry: <a href="mailto:bill.barry@duke.edu">bill.barry@duke.edu</a>



参考文献----------References----------

of functional categories in gene expression studies: a structured permutation approach, Bioinformatics21(9) 1943&ndash;1949.
<h3>See Also</h3>
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