R语言 rtracklayer包 TwoBitFile-class()函数中文帮助文档(中英文对照)

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TwoBitFile-class(rtracklayer)
TwoBitFile-class()所属R语言包：rtracklayer

                                        2bit Files
                                         2bit的文件

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

The export.2bit and import.2bit support the export and import, respectively, of the UCSC 2bit compressed sequence format. The main advantage is speed of subsequence retrieval, as it only loads the sequence in the requested intervals. Compared to the FA format supported by Rsamtools, 2bit offers the additional feature of masking and also has better support in Java (and thus most genome browsers). The supporting TwoBitFile class is a reference to a TwoBit file.
export.2bit和import.2bit支持，UCSC的2bit的压缩序列格式的出口和进口分别。它的主要优点是序列检索的速度，因为它仅加载在要求的时间间隔序列。足总杯由Rsamtools支持的格式相比，2位提供额外的屏蔽功能，还具有更好的支持Java（从而大多数基因组浏览器）。支持TwoBitFile类是引用到TwoBit文件。


存取方法----------Accessor Methods----------

In the code snippets below, x represents a TwoBitFile object.
在下面的代码片段，xTwoBitFile对象。

seqinfo(x): Gets the Seqinfo object indicating the lengths of the sequences in the file. No circularity or genome information is available.
seqinfo(x)：获取Seqinfo对象的说明文件中的序列的长度。不圆或基因组信息是可用的。


进口----------Import----------

import.2bit(con, which = as(seqinfo(con), "GenomicRanges"),       ...): Imports sequence from 2bit file con, which can be a string (path or URL) or TwoBitFile object. The sequence retrieval is restricted to the intervals given by which, which should be something coercible to a GRanges. The returned DNAStringSet contains a DNAString for every interval in which.
import.2bit(con, which = as(seqinfo(con), "GenomicRanges"),       ...)：进口2bit的文件序列con，这可以是一个字符串（路径或URL）或TwoBitFile对象。序列检索是由which，这应该是强制转换的东西GRanges给定的时间间隔限制。返回DNAStringSet包含DNAString为每间隔which的。


出口----------Export----------

export.2bit(object, con, which = as(seqinfo(con),       "GenomicRanges"), ...): Exports object in the two bit format to con, a path or URL. The object should be a DNAStringSet (or something coercible to one) or a BSgenome object. If a BSgenome object, the arguments in ... are passed to bsapply during the export of each sequence.
export.2bit(object, con, which = as(seqinfo(con),       "GenomicRanges"), ...)：出口objectcon，路径或URL的两个位格式。 object应该是DNAStringSet（或一个东西强制转换）或BSgenome对象。如果BSgenome对象，在...bsapply在每个序列的出口通过的论据。


作者（S）----------Author(s)----------


Michael Lawrence



举例----------Examples----------


tbf <- TwoBitFile(system.file("tests", "test.2bit", package = "rtracklayer"))
seqinfo(tbf)
sequence &lt;- import.2bit(tbf) # the whole file[整个文件]
subrange <- IRanges::resize(as(seqinfo(tbf), "GenomicRanges"), width = 50)
subsequence <- import.2bit(tbf, which = subrange)

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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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