RangesList-methods(rtracklayer)
RangesList-methods()所属R语言包：rtracklayer
Ranges on a Genome
基因组范围上
译者：生物统计家园网 机器人LoveR
描述----------Description----------
Genomic coordinates are often specified in terms of a genome identifier, chromosome name, start position and end position. RangedData represents this with a RangesList instance, and the rtracklayer package adds convenience methods to RangesList for the manipulation of genomic ranges. The spaces (or names) of RangesList are the chromosome names. The universe slot indicates the genome, usually as given by UCSC (e.g. “hg18”).
基因组的坐标往往指定在基因组标识符，染色体名称，起始位置和结束位置。 RangedDataRangesList实例与代表本，rtracklayer包增加了对基因组范围内的操纵方便的方法RangesList。 RangesList空格（或名称）是染色体的名字。 universe槽表示的基因，通常是由加州大学圣克鲁兹分校（如“hg18”）。
存取----------Accessors----------
In the code snippets below, x is a RangesList object.
在下面的代码片段，x是RangesList对象。
chrom(x), chrom(x) <- value: Gets or sets the chromosome names for x. This is an alias for names(x).
chrom(x), chrom(x) <- value：获取或设置为x染色体的名称。这是别名names(x)。
seqinfo(x), seqinfo(x) <- value: Gets or sets the sequence information as a Seqinfo object. If this has not been set explicitly, it tries to come up with a reasonable default. First, it assumes the universe on x is a genome identifier and attempts to look up the corresponding metadata an installed BSgenome package or, if that fails, via UCSC. If that fails, it uses names(x) as the seqnames and end(range(x)) as the seqlengths.
seqinfo(x)，seqinfo(x) <- value：获取或设置作为Seqinfo对象的序列信息。如果这尚未明确设定，它会尝试拿出一个合理的默认。首先，它假设上的universe“x是基因组标识符，并试图寻找相应的元数据安装的BSgenome包，如果失败，通过UCSC的。如果失败，它使用names(x)作为seqnames和end(range(x))作为seqlengths。
作者（S）----------Author(s)----------
Michael Lawrence
转载请注明:出自 生物统计家园网(http://www.biostatistic.net)。
注：
注1：为了方便大家学习，本文档为生物统计家园网机器人LoveR翻译而成，仅供个人R语言学习参考使用，生物统计家园保留版权。
注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
注3：如遇到不准确之处，请在本贴的后面进行回帖，我们会逐渐进行修订。
|
发表于 2012-2-26 13:39:54
