R语言 RTopper包 dat()函数中文帮助文档(中英文对照)

loveR

dat(RTopper)
dat()所属R语言包：RTopper

                                         A test dataset for the RTopper package
                                         一个测试数据集为RTopper包

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

A small subset of pre-processed Glioblasoma Multiforme (GBM) genomic  data from The Cancer Genome Atlas (TCGA) project, encompassing Differential Gene Expression (DGE), and  Copy Number Variation (CNV). Can be used as input to convertToDr.  
一个预的加工Glioblasoma（GBM）的癌症基因组图谱（TCGA）项目，涵盖基因差异表达（DGE）和拷贝数变异（CNV）的基因组数据的一小部分。可以作为输入convertToDr。


用法----------Usage----------


data(exampleData)



格式----------Format----------

This object is a list of 4 data.frames containing genomic measurements obtained across distinct genomic scopes (copy number variation and gene expression), platforms (Affymetrix and Agiles),  and laboratories. In particular each data.frame consist of 500 gene measurements (by rows), for 95 distinct patients (by columns) from the following  4 distinct platforms:
此对象是一个list 4data.frames跨越不同的基因组范围（拷贝数变异和基因表达），平台（Affymetrix公司和Agiles），和实验室获得的基因组测量。特别是每个data.frame由500个基因的测量（行）95不同的患者，从以下4个不同的平台（列）：

"dat.affy": DGE obtained using Affymetrix microarrays;
"dat.affy"：胃排空获得使用Affymetrix芯片;

"dat.agilent": DGE obtained using Agilent microarrays;
"dat.agilent"：胃排空使用安捷伦芯片获得;

"dat.cnvHarvard": CNV data obtained at Harvard;
"dat.cnvHarvard"：在哈佛大学获得的CNV的数据;

"dat.cnvMskcc": CNV data obtained at Memorial Sloan Ketterng Cancer Center;
"dat.cnvMskcc"：在纪念斯隆Ketterng癌症中心获得的CNV数据;


源----------Source----------

The Cancer Genome Atlas (TCGA) project http://cancergenome.nih.gov/
癌症基因组图谱（TCGA）项目http://cancergenome.nih.gov/


参考文献----------References----------

“Comprehensive genomic characterization defines human glioblastoma genes and core pathways”. Nature, 2008, October 23; 455(7216): 1061-1068

举例----------Examples----------


data(exampleData)
ls()
class(dat)
names(dat)
sapply(dat,class)
sapply(dat,dim)

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