R语言 RTopper包 combineGSE()函数中文帮助文档(中英文对照)

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combineGSE(RTopper)
combineGSE()所属R语言包：RTopper

                                        Combines GSE results
                                         结合GSE结果

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

Combines GSE results obtained from a sepatate set of gene-to-phenotypes scores
结合从基因到表型分数sepatate集获得GSE结果


用法----------Usage----------


combineGSE(gseOut, method)



参数----------Arguments----------

参数：gseOut
a list of lists containing the enrichment results to be combined. This is usually the the output of runBatchGSE obtained from a set of distinct genes-to-phenotype scores (usually one per genomic platform)
一个含有富集列出列表，结果被结合。这通常是runBatchGSE从一组不同的基因表型的分数（通常是每一个基因组平台）获得输出


参数：method
character, this argument specifies the method used to combine the enrichment results obtained from distinct genes-to-phenotype scores (usually one per genomic platform). Available options are the computation of the geometric or arithmetic  means, the use of the median, the selection of the minimun or the maximum enrichment score, and the random selection of a score (respectively "geometricMean", "mean", "median", "min", "max", and "random")
字符，这个参数指定用于浓缩取得的成果，从不同的基因表型的分数（通常是每一个基因组平台）结合起来的方法。可用的选项是计算几何或算术平均值，中位数的最低限度的或最大的浓缩得分的选择和随机选择的得分（分别使用"geometricMean"，"mean" "median"，"min"，"max"，"random"）


Details

详情----------Details----------

This function summarize enrichment results obtained from distinct gene-to-phenotypes scores  (usually one per genomic platform) by one of several alternative methods.
此功能概括浓缩的结果，从不同的基因到表型的分数（通常是每一个基因组平台）获得几种替代方法之一。


值----------Value----------

The output is a list of lists containing integrated enrichment results for all  FGS collections
输出是一个包含所有佛光集合的综合富集结果名单列表


作者（S）----------Author(s)----------


Luigi Marchionni <a href="mailto:marchion@jhu.edu">marchion@jhu.edu</a>



参考文献----------References----------

"Integrating diverse genomic data using gene sets." Manuscript submitted.

举例----------Examples----------



###load gse analysis results for separate gene-to-phenotype score[＃负载GSE单独的基因表型的得分分析结果]
data(gseResultsSep)

###combine enrichment score results using geometric mean[＃结合使用几何平均的富集得分结果]
gseABS.sep.geoMean <- combineGSE(gseResultsSep, method="geometricMean")

###combine enrichment score results using maximum value[＃结合使用最大价值的的富集得分结果]
gseABS.sep.max <- combineGSE(gseResultsSep, method="max")


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