R语言 RTopper包 adjustPvalGSE()函数中文帮助文档(中英文对照)

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adjustPvalGSE(RTopper)
adjustPvalGSE()所属R语言包：RTopper

                                        Multiple testing correction
                                         多个测试校正

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function is an interface to the mt.rawp2adjp function contained in the multtest package. adjustPvalGSE works on outputs from runBatchGSE and combineGSE returning adjusted p-values
此功能是mt.rawp2adjpmulttest包中的功能的接口。 adjustPvalGSE上runBatchGSE和combineGSE返回调整后的P-值的输出


用法----------Usage----------


adjustPvalGSE(gseOut, proc = "BH", alpha = 0.05 , na.rm = FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：gseOut
list of lists, either the output from runBatchGSE, or the output from combineGSE
列表列出，无论是从runBatchGSE输出，或输出从combineGSE


参数：proc
character, the method to be used for p-values adjusting. This parameter will be passed to the mt.rawp2adjp function from the multtest package. The available options include: "Bonferroni", "Holm", "Hochberg", "SidakSS", code"SidakSD", "BH" (the default), "BY", "ABH", and "TSBH"
字符，为p-值调整的方法。此参数将被传递给mt.rawp2adjp包multtest函数。可用的选项包括："Bonferroni"，"Holm"，"Hochberg"，"SidakSS"，代码“SidakSD”的，"BH"（默认），"BY" "ABH"，"TSBH"


参数：alpha
numeric, the nominal type I error rate
数字，标称的I型错误率


参数：na.rm
logical, the option for handling NA values in the list of raw p-values
逻辑，处理原料p值列表NA值的选项


Details

详情----------Details----------

The adjustPvalGSE function performs p-value adjusting for multiple testing correction on the list of lists resulting from enrichment analysis obtained using the runBatchGSE and combineGSE functions. This functions is based on the mt.rawp2adjp function contained in the multtest package.
adjustPvalGSE函数执行多个测试校正的P-值调整上获得使用runBatchGSE和combineGSE功能富集分析结果列表列表。此功能是基于mt.rawp2adjpmulttest包中包含的功能。


值----------Value----------

For each vector of p-value contained in the gseOut input object a data.frame is returned, containing original p-value and corrected p-values
对于每一个p值gseOut输入对象中的矢量数据框返回，包含了原来的p值和纠正的p值


作者（S）----------Author(s)----------


Luigi Marchionni <a href="mailto:marchion@jh.edu">marchion@jh.edu</a>



参考文献----------References----------

"Integrating diverse genomic data using gene sets." Manuscript submitted.

举例----------Examples----------



###load gse analysis results for separate gene-to-phenotype score[＃负载GSE单独的基因表型的得分分析结果]
data(gseResultsSep)

###adjust for multiple testing using the Benjamini and Hochberg method[＃调整为多个测试使用的Benjamini和Hochberg方法]
gseABS.int.BH <- adjustPvalGSE(gseResultsSep)

###adjust for multiple testing using the Holm method[＃调整多个使用霍尔姆方法的测试]
gseABS.int.holm <- adjustPvalGSE(gseResultsSep, proc = "Holm")


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