R语言 RTools4TB包 MCL()函数中文帮助文档(中英文对照)

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MCL(RTools4TB)
MCL()所属R语言包：RTools4TB

                                        Invokes the Markov CLustering algorithm (MCL).
                                         调用马尔可夫聚类算法（MCL）。

                                         译者：生物统计家园网 机器人LoveR

描述----------Description----------

This function invokes the mcl system command. MCL is a clustering algorithm for graphs that was developped by Stijn van Dongen (see references for further informations).
这个函数调用MCL系统命令。韧带是Stijn范栋勤（进一步信息，请参阅参考资料），是由developped图的聚类算法。


用法----------Usage----------


MCL(name, inflation = 2.0, silent = FALSE)



参数----------Arguments----------

参数：name
a character string corresponding to the file name.
相应的文件名字符串。


参数：inflation
the main control of MCL. Inflation affects cluster granularity. It is usually chosen somewhere in the range [1.2-5.0]. inflation = 5.0 will tend to result in fine-grained clusterings, and whereas inflation = 1.2 will tend to result in very coarse grained clusterings. By default, inflation = 2.0. Default setting gives very good results for microarray data when k is set around 100.
韧带主要控制。通货膨胀影响聚类的粒度。它通常在某处选择范围[1.2-5.0]。 inflation = 5.0往往会导致细粒度的聚类，而inflation = 1.2往往会导致非常粗粒聚类。默认情况下，inflation = 2.0。默认设置芯片的数据提供了很好的结果，当k约100。


参数：silent
if set to TRUE, the progression of the MCL partitionning is not displayed.
如果设置为TRUE，的韧带partitionning的进展将不会显示。


值----------Value----------

Returns a file with the ".mcl\_out.txt" extension.
返回一个。“MCL \ _out.txt”扩展名的文件。


警告----------warning----------

Works only on UNIX-like plateforms. MCL should be installed. The following command lines can be used for installation.
上UNIX像plateforms的仅适用于。 MCL应安装。可以用下面的命令行安装。

# Download the latest version of mcl (RTools4TB has been tested successfully with the 06-058 version).
# Download the latest version of mcl (RTools4TB has been tested successfully with the 06-058 version).

wget http://micans.org/mcl/src/mcl-latest.tar.gz
wget http://micans.org/mcl/src/mcl-latest.tar.gz

# Uncompress and install mcl
# Uncompress and install mcl

tar xvfz mcl-latest.tar.gz
tar xvfz mcl-latest.tar.gz

cd mcl-xx-xxx
cd mcl-xx-xxx

./configure
./configure

make
make

sudo make install
sudo make install

# You should get mcl in your path
# You should get mcl in your path

mcl -h
mcl -h


作者（S）----------Author(s)----------


Bergon A., Lopez F., Textoris J., Granjeaud S. and Puthier D.



参考文献----------References----------



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注：
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注2：由于是机器人自动翻译，难免有不准确之处，使用时仔细对照中、英文内容进行反复理解，可以帮助R语言的学习。
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